Второй семестр

Во втором семестре я получил представление:
 о Банках Данных Swiss-Prot и TrEMBL, программе GeneDoc, поисковой системе SRS (Блок 1); о программах выравнивания, программе BLAST, о матрицах переходов глобального и локального выравниваний (Блок 2). о сравнении множественных выравниваний, банках PROSITE, БД Pfam и InterPro (Блок 3);

Результаты упражнений

• Блок 1
  • Работа с Swiss-Prot и TrEMBL
  • Работа с поисковой системой SRS
  • Работа с GenDoc
  • Матрицы замен

• Блок 2
  • Матрицы переходов глобального и локального выравниваний
  • Программы выравнивания
  • Работа с программой BLAST
• Блок 3
  • "Эталонные" выравнивания и выравнивания, полученные с помощью программы ClustalW
  • Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot
  • Мотивы в белке Гистидил т-РНК синтетаза, описанные в БД Prosite
  • Доменная структура
  • Подписи SYH_ECOLI в БД InterPro
  • PSI-BLAST
  • Филогенетические деревья, реконструированные разными способами