Отчет по работе с БД Pfam

Цель задания - знакомство с cемействами белковых доменов.

Задание 1: описать доменную структуру моего белка (SYH_ECOLI) по данным Pfam и продемонстрировать: a) картинку со схематическим изображением доменной структуры моего белка (рисунок приведён по записи БД RCSB PDB 1KMN).

Cледует отметить, что цвета на картинке, по-видимому, совпадают с цветами схемы.

в) табличку, в которой для каждого домена указаны идентификатор Pfam, сокращенное название домена (название записи Pfam), полное название на русском языке (из раздела "InterPro description") и положение домена в последовательности.

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности SYH_ECOLI
PF00587	tRNA-synt_2b	тРНК-синтетаза	20-187
PF03129	HGTP_anticodon	HGTP-антикодон	329-421

Представлены ещё 2 домена: Pfam-B 590 (а.о. 190-237) и Pfam-B 76 (а.о. 257-308)

Задание 2 : описать семейство доменов, к которому относится N-концевой домен моего белка. Аминоацил-тРНК синтетазы катализируют присоединение аминокислот к транспортным РНК в ходе двустепенчатой реакции. Белки отличаются по размерам и имеют ограниченное сходство в последовательностях. 2-ой класс белков характеризуется наличием антипарралельного бетта-листа, альфа-спиралей, окружающих белок с двух сторон, а также наличием тетрамерной структуры. Аминоацильная группа присоединяется к 3^' гидроксильному участку. Ко второму классу принадлежат белки, ответственные за присоединение аланина, аспарагина и аспарагиновой кислоты, глицина, гистидина, лизина, фенилаланина, пролина, серина и треонина. Этот домен включает глицил, гистидил, пролил, треонил и серил тРНК синтетазы.

Всего известно 1823 белка с доменами tRNA-synt_2b.

На главную страницу семестра