Матрицы переходов глобального и локального выравниваний

Цель задания - построение схемы переходов глобального выравнивания.

Задание 1: создать Excel-книгу "matrix.xls"и в ней построить схему переходов глобального выравнивания (алгоритм Нидельмана - Вунша), для следующих 2-х последовательностей: a) последовательность первых 4-х остатков моего белка; б) последовательность из 5 букв, полученную следующим образом: внести в последовательность первых 4-х остатков моего белка две любые замены и в произвольном месте вставьте дополнительную букву.

Оптимальные пути выделены цветом (в таблице я сделал попытку показать сразу 3 оптимальных пути, так как они равноценны). Параметры для построения схемы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за гэп = -2. При построении в каждой ячейке следует указывать сначала направление обратного перехода, а потом вес наилучшего пути, оканчивающегося в данной ячейке.

Вес пути равен 0.

Задание 2: в файле matrix.xls создать новый лист "local" и на нем показать схему переходов для локального выравнивания тех же последовательностей (алгоритм Смита - Ватермана), при тех же параметрах, что в задании 1.

Оптимальный путь

seq1 1 MA 2 || seq2 1 MA 2

Вес пути равен 4.

Желаемого результата, а именно локальных выравниваний с большим весом, я не получил (так как сравниваемые последовательности небольшие). Также отсутствует субоптимальное выравнивание.

На главную страницу семестра