| Организм: | Escherichia coli K12 | Salmonella typhimurium LT2 |
|---|---|---|
| Идентификатор протеомов: | UP000000625 | UP000001014 |
| Количество последовательностей: | 4313 | 4533 |
| Количество аминокислот: | 1351619 | 1421441 |
| Остаток | Процент остатка в протеоме Escherichia coli K12 | Процент остатка в протеоме Salmonella typhimurium LT2 | Разность процентов |
|---|---|---|---|
| L | 0,1068 | 0,1065 | 0,0003 |
| A | 0,0951 | 0,0977 | -0,0026 |
| G | 0,0737 | 0,0737 | 0 |
| V | 0,0707 | 0,0702 | 0,0005 |
| I | 0,0601 | 0,0593 | 0,0008 |
| S | 0,058 | 0,0582 | -0,0002 |
| R | 0,0552 | 0,0565 | -0,0013 |
| E | 0,0577 | 0,056 | 0,0017 |
| T | 0,0539 | 0,0549 | -0,001 |
| D | 0,0515 | 0,0521 | -0,0006 |
| P | 0,0443 | 0,0447 | -0,0004 |
| Q | 0,0444 | 0,0439 | 0,0005 |
| K | 0,0441 | 0,0431 | 0,001 |
| F | 0,0389 | 0,0387 | 0,0002 |
| N | 0,0394 | 0,0381 | 0,0013 |
| Y | 0,0284 | 0,0288 | -0,0004 |
| M | 0,0282 | 0,0278 | 0,0004 |
| H | 0,0227 | 0,0229 | -0,0002 |
| W | 0,0153 | 0,0152 | 0,0001 |
| C | 0,0116 | 0,0116 | 0 |
Лейцин, Аланин, Глицин - три самых частых остатка у обоих организмов.
Гистидин, Триптофан, Цистеин - три самых редких остатка у обоих организмов.
Разницы: самая большая в пользу E. coli у Глутаминовой кислоты (0,0017), самая большая в пользу Salmonella typhimurium у Аланина (0,0026)
Команда wordcount расставляет аминокислотные остатки в порядке убывания их количества и показывает это количество.
Команда compseq выписывает названия последовательностей, расставляет аминокислотные остатки в алфавитном порядке, показывает общее количество остатков, а также процент каждого остатка в протеоме.
Для выполнения задания 1 полезны обе команды, так как в нём необходимо расположить остатки в порядке убывания, узнать общее количество остатков, а также процент каждого остатка в протеоме. Первое удобно делать командой wordcount, остальное - командой compseq.