Количество квазиоперонов в хромосомах и плазмидах (пороговое расстояние 100, по стандарту). Я считал гены пересекающимися, если координаты конца предыдущего гены совпадали или были больше, чем координаты начала следующего. Рассматривались только белковые гены.

На гистограмме представлено распределение белков различных участков ДНК по длинам. Из этого графика видно, что наибольшее количество белков сосредоточено в хромосоме 1. Наибольшее количество белков сосредоточено в диапазоне длины от 101 до 350 аминокислот.

Гистограмма процентного распределения белков по длинам для каждого участка ДНК позволяет понять, белки какой длины преобладают в той или иной хромосоме или плазмиде. Так например, плазмида MP1 имеет большое количество белков высокой длины (>901). А у плазмиды CP1 есть 5 диапазонов длин, содержащих наибольшее количество белков (>10), при этом по одному из них процентное содержание больше 20 процентов.

Из гистограммы видно, что гены преимущественно располагаются на прямой цепи, и только для РНК генов первой хромосомы это не выполнятеся. Стопроцентный показатель у РНК генов второй хромосомы объясняется невысоким общим количеством генов (всего 1 ген).

Из гистограммы видно, что наибольшее количество генов имеет длину кратную 3 (>95%). Однако, если мы посмотрим отдельно на белковые и РНКовые гены, то увидим огромную разницу: для белковых генов характерна делимость на 3, а для РНКовых нет (<20% для РНК генов хромосомы 1). О возможных причинах этого поговорим позже.

Гипотезу о том, что гены распределены случайно с вероятностью 0.5 проверили с помощтю биномиального распределения (все формулы в файле). Рассматривались только белковые гены. Реузльтаты видны в гистограмме, где синим цветом обозначены контрольные значения в 0.05. Все значения выше контрольного считаются подтверждающими гипотезу и обозначены зеленым, все значения ниже - красным. Гипотеза подтвердилась для первой хромосомы и плазмиды CP1.

На графике показано пересечение генов между комплементарными цепями в хромосоме 1. Здесь и далее по оси Х отложена длина участка пересечения, причем нулю соответствует пересечение на 1 нуклеотид, так как расчет проводился по формуле координаты конца минус координаты начала. По оси У - количество генов с таким пересечением. Значение быстро падает от длины пересечения в 3 (4 нуклеотида) к 4, а потом плавно снижается. Далее 30 не рассматривалось.

Для хромосомы 2 и плазмид количество пересечений невелико. Их количество плавно снижается.

Пересечение генов внутри цепей у хромосом показывает очень интересную закономерность: после длины пересечения в 3 количество пересекающихся генов резко падает, а потом изменяется незначительно.

Закономерность, выявленная для хромосом подтверждается и для плазмид.

Здесь и в последующих трех графиках рассматривали, как изменилось бы количество квазиоперонов при изменении расстояния порога. Рассматривали значения порога от 0 до 200 с шагом 5. Как и ожидалось, количество квазиоперонов падает при уменьшении порога и увеличивается при его увеличении.

Наблюдаем все сказанное выше для хромосомы 1.

Наблюдаем все сказанное выше для хромосомы 1.

Наблюдаем все сказанное выше для хромосомы 1.