Главная
Семестры
Обо мне
Ссылки

Краткое описание генома бактерии Deinococcus radiodurans

Систематика:

  • Домен: Bacteria
  • Тип: Deinococcus-Thermus
  • Класс: Deinococci
  • Порядок: Deinococcales
  • Семейство: Deinococcaceae
  • Род: Deinococcus
  • Вид: Deinococcus radiodurans
  • Штамм: Deinococcus radiodurans R1

Информация о секвенировании:

  • Дата: 6 ноября 1999 года.
  • Место: Институт геномных исследований, США.
  • Длинна генома: 3284156 пар нуклеотидов, которые локализованы в двух хромосомах и двух плазмидах.

Краткая информация о радиодуранс

Это грамположительный экстремофильный кокк. Впервые описан в 1960 году. Является одой из самых устойчивых к действию радиации бактерий. На препаратах располагается по две или четыре клетки.

Растет на простых питательных средах. Радиодуранс удалось выделить из большого разнообразия субстратов: от арктических глыб до песков пустынь, поэтому говорить о специфическом местообитании невозможно.

Уникальной особенностью генома является то, что каждая кольцевая молекула ДНК представлена в нескольких копиях, и вместе они образуют переплетенные кольца.

Гистограммы длин белков в хромосомах и пластидах вы можете видеть в таблицах 1, 2, 3, 4.
Для данной бактерии наиболее характерны длины белков 101..200 и от 201..300. Процентное содержание которых относительно общего количества белков соответственно 27.91% и 24.22%. Белки длины 101..200 преобладают везде, кроме плазмиды MP1, в которой белков 101..200 - 19.08%, а белков 301..400 - 23.66%.

Что удивительно, количество белков с длиной более 1000 больше, чем количество белков длины 901..1000. Соответственно 29 против 25. Причем их количество отличается только в хромосомах.

Информация об одном из белков.


Deinococcus radiodurans

Таблица 1. Гистограмма длины белков у
Deinococcus radiodurans R1 в хромосоме 1
ДлинаКоличество(в процентах
от общего)
1..100 163(6.2%)
101..200 757(28.79%)
201..300 649(24.69%)
301..400 474(18.03%)
401..500 278(10.57%)
501..600 132(5.02%)
601..700 67(2.55%)
701..800 35(1.33%)
801..900 32(1.22%)
901..100020(0.76%)
>1000 22(0.84%)
Total 2629(100%)

Таблица 3. Гистограмма длины белков у
Deinococcus radiodurans R1 в плазмиде MP1
ДлинаКоличество(в процентах
от общего)
1..100 9(6.87%)
101..200 25(19.08%)
201..300 25(19.08%)
301..400 31(23.66%)
401..500 16(12.21%)
501..600 7(5.34%)
601..700 4(3.05%)
701..800 6(4.58%)
801..900 2(1.53%)
901..10003(2.29%)
>1000 3(2.29%)
Total 131(100%)

Таблица 2. Гистограмма длины белков у
Deinococcus radiodurans R1 в хромосоме 2
ДлинаКоличество(в процентах
от общего)
1..100 10(2.72%)
101..200 89(24.18%)
201..300 83(22.55%)
301..400 70(19.02%)
401..500 46(12.5%)
501..600 33(8.97%)
601..700 12(3.26%)
701..800 14(3.8%)
801..900 5(1.36%)
901..10002(0.54%)
>1000 4(1.09%)
Total 368(100%)
Таблица 4. Гистограмма длины белков у
Deinococcus radiodurans R1 в плазмиде CP1
ДлинаКоличество(в процентах
от общего)
1..100 2(5.13%)
101..200 13(33.33%)
201..300 10(25.64%)
301..400 3(7.69%)
401..500 7(17.95%)
501..600 1(2.56%)
601..700 1(2.56%)
701..800 1(2.56%)
801..900 1(2.56%)
901..10000(0.0%)
>1000 0(0.0%)
Total 39(100%)

Источники:

  1. Страница первого семестра
  2. Сайт NCBI, раздел Публикаций.
  3. Сайт NCBI, раздел Геномов.
  4. Статья на Википедии о Deinococcus radiodurans