Визуализация белка

Визуализация молекулы белка

Отображение ДНК-связывающего белка

Рабочие кнопки:

	Запуск скрипта. Загрузка может занять некоторое время. Не запускать повторно до выхода.
	Продолжение работы скрипта.
	Выйти из скрипта. Можно запустить снова.

Последовательность визуализаций:
1. Картонки с раскраской по цепочкам;
2. Картонки с раскраской по вторичной структуре;
3. Картонки с раскраской по вторичной структуре с изображением шаро-стержневой модели лиганда с раскраской по химическим элементам;
4. Изображение белка в виде ван-дер-ваальсовых радиусов с раскраской по химическим элементам;
5. Изображение альфа-спирали с водородными связями внутри;
6. Изображение двух бета-тяжей с водородными связями между ними.

Текст скрипта.

Исследованные мной параметры водородных связей в альфа-спиралях и бета-тяжах белка лежат в небольшом диапазоне значений: длина связи 2.75 - 3.23(Å) и угол N-O-C 149.6 - 159.7(°). Подробнее в таблице 1. Исходя из теоретических данных о водородных связях, их длина приблизительно составляет 2.6 - 3.1(Å), а угол стремится к развернутому (180 (°)), при котором достигается максимальная сила связи. Все это согласуется с полученными практическими данными. Отличие реальных значений угла от идеального можно объяснить взаимным влиянием многих других атомов в молекуле белка, в связи с чем, наиболее энергетически выгодная конфигурация достигается при не самых больших значениях водородной связи.

Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре.
#	Имена атомов	Длина связи(Å)	Угол связи N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(21GLY) - O(16LEU)	3.23	159.7
2	N(16LEU) - O(12ALA)	2.88	153.2
3	N(12ALA) - O(8LEU)	2.97	158.3
4	N(10ASP) - O(6ALA)	2.93	151.7
Бета-тяжи
1	N(213GLN) - O(334SER)	2.94	149.6
2	N(336ALA) - O(213GLN)	2.75	151.4
3	N(215ARG) - O(336ALA)	2.98	157.1
4	N(217GLY) - O(338MET)	2.87	156.0
5	N(340TYR) - O(217GLY)	2.98	151.7

Картинка 1.Альфа-спираль	Картинка 2.Бета-тяж

Некоторые вторичные структуры белка показаны на картинках 1 и 2. Красные шарики - кислород, синие - азот, серые - углерод. Водородные связи обозначены красно-синим пунктиром. Водород не обозначен, так как определить его точное местоположение невозможно. Показаны некоторые характеристики водородных связей, все они занесены в таблицу 1.