1. Взял множественное выравнивание из практикума 9 и искал на нем вертикальные блоки среди всех последовательностей. Нашел 5 блоков. Пример такого блока на рис.1. Потом из 5 первоначальных последовательностей выделил группу из 3, по моему мнению более гомологичных. Он изображен на рис.2.

2. Взял блок, изображенный на рис.1, и посчитал число и процент абсолютно консервативных и абсолютно функционально консервативных позиций. Из 10 позиций 5 абсолютно консервативных, 2 - функционально. Это составляет 50% и 20%, соответственно, от общей длины блока. Самый длинный участок, не входящий в блок изображен на рис.3. Он начинается с 105 позиции, заканчивается 124, итого содержит 20 позиций, из которых 5 с гэповыми колонками, т.е. 25% от длины (этот участок содержит практически все гэповые колонки выравнивания).

3. Сделаем консенсусную последовательность и LOGO одного блока. Возьмем блок, изображенный на рис.1. Его консенсусная последовательность: LGDVVYVELPE (сделано с помощью JalView). LOGO на рис.4.

4. Паттерн. Построим паттерн этого блока. Он представляет собой L-[S,G]-[D,E]-[V,I,L]-V-[L,Y,F]-[K,E]-P-E.

5. Добавил в выравнивание случайный белок из базы. (АТФаза бактерии). Полученное выравнивание. Удивительно, что даже без добавления большого количества гэпов, удалось получить 1 консервативную колонку и 15 функционально консервативных колонок. Соответственно 0.8% и 11.6%.

6. Теперь возьмем 5 негомологичных последовательностей, белки которых принадлежат разным организмам и выполняют разные функции. Выравнивание, полученное со всеми этими негомологичными последовательностями. Удалось с натяжкой найти 1 "небольшой блок". Попробуем выкинуть часть последовательностей. Теперь результат стал чуть лучше, но и эти "блоки" блоками назвать тяжело. На рис.5 пример такого блока.

Так же вы можете посмотреть проект с выполнением практикума.