Цель этого задания - собрать выборку гомологов с помощью программы BLAST, построить множественные и парные выравнивания нашей последовательности с найденными программой.

Использовали последовательность белка АТФ-зависимой ДНК хеликазы бактерии Deinococcus radiodurans ( последоватльность в fasta-формате). Искали гомологи в базе данных Pefseq среди всех организмов, кроме моего вида. Поставим максимальное количество последовательностей на 20000, потому что при других значениях E-value хучшего результата < 0.01. Полные параметры поиска по ссылке.

Поиск выдал 17258 результатов, из которых 5083 имеют степень покрытия >= 80 %, а 5321 - >= 70 % (E-value < 1e-3). Сравнение лучшей, хучшей находки и любой находки из середины приведено в таблице 1.

Сохраним 21 последовательность из середины (чтобы не были очень сильно похожи) в формате fasta. Сделаем множественное выравнивание этих последовательностей (в том числе хучшей) с исходной. В полученном выравнивании есть длинные невыровненные участки на N- и C-концах, различные у разных последовательностей.

Выравнивание выравниваний между собой показало, что needle и water превосходно выравниваются между собой, что не удивительно, ведь это точные алгоритмы. Выравнивание из BLAST совпадает с ними довольно хорошо. Однако, выравнивание, выделенное из множественного, сделанного с помощью muscle (with default), очень сильно отличается от первых трех.

Возьмем белок, негомологичный нашему, например С-фитоцианин. Сделаем выравнивание с помощью needle и water . Хорошо выравнять их не удается, есть большие регионы несовпадений, как например, на рис.1.