1. Из выдачи CluD считал гидрофобным ядром только core2, так как остальные слишком малы. Итого в гидрофобное ядро входит 1830 атомов из 7999 атомов всего, что составляет 22,88% от всех атомов. Несмотря на то что некоторые из этих атомов видно с поверхности, в большинстве своем находятся внутри белка.

2. В качестве остатка выбрал фенилаланин (207:B). Он выходит в 2 гидрофобное ядро. Первыми на расстоянии 2-3А появляются атомы остова. На 4А - первые нековалентные атомы, причем уже при 5А они почти полностью покрывают его. Следовательно, можно предположить, что 4.5А - среднее расстояние между атомами, не связанными ковалентно.

3. Может ли вода "залезть" в эти 4.5А? Важное свойство воды - возможность и больше желание образовывать водородные связи. Так что к ван-дер-Ваальсовому радиусу кислорода (помноженному на 2) добавим длину водородной связи. Итого 1.4 * 2 + 2.75 = 5.55 А > 4.5A, так что вода не может там находиться в энергитически-выгодной позиции.

1. Структурные и регуляторные белки. В основном это гистоны. Их роль - упаковка нитей ДНК и регуляция таких процессов, как транскрипция, репликация, репарация.

2. Ферменты, модифицирующие ДНК. Их существует несколько различных классов, так что мы рассмотрим эту группе подробнее.
а)Топоизомеразы - ферменты, регулирующие суперскрученность ДНК.
б)Хеликазы - белки, разрывающие водородные связи между основаниями, раскручивая двойную спираль на отдельные кусочки.
в)Нуклеазы - ферменты, разрезающие ДНК. Могут удалять "лишние" нуклеотиды.
г)Лигазы - белки, катализирующие соединение двух молекул.
д)Полимеразы - группа ферментов, ответственная за рост цепи, присоединение нуклеозидов к 3'-гидроксильной группе пентозы предыдущего нуклеотида.