Изначально мне был дан ДНК-связывающий белок бактерии Deinococcus radiodurans штамм R1 с RefSeq ID = NP_295013.1 и PDB ID = 4Q47. Я произвел запросы по всем имеющимся у меня данным, но ни один запрос не нашел совпадений. Поэтому я выбрал одну из шести имеющихся в базе данных последовательностей ДНК-связывающих белков моей бактерии и в дальнейшем буду опиcывать именно ее. Данные о белке представлены в таблице 1. Ссылка на запись Uniprot в текстовом формате.

Кластеры ссылок UniProt состоят из трех баз данных (UniRef100, UniRef90 и UniRef50). UniRef100 содержит полностью идентичные последовательности из любых организмов. UniRef90 и UniRef50 состоят из последовательностей с идентичностью не менее 90% и 50% ,соответственно, с самой длинной последовательностью из них. С помощью этих баз данных можно быстро и надежно находить родственные белки. (Из материалов Википедии)

В таблице 2 можно найти количество белков в каждом кластере. Кластер Uniref100 состоит из 1 последовательности, непосредственно, нашей. Uniref90 из 2, кроме нашей он содержит белок организма, одного с нашим организмом рода. Uniref50 содержит уже 27 последовательностей, но все они принадлежат к организмам нашего рода. Причем в двух последних кластерах наш белок не является самым большим, то есть "начальной" последовательностью (англ. "seed").

Таблица 3 содержит сводку по результатам поиска, моменты, заслуживающие внимания, будут приведены ниже таблицы.

Поиск по (name:"atp dependent" name:"recd like" name:dna name:helicase taxonomy:deinococcaceae) только из одного рода Deinococcus (из 2 родов в семействе), полностью аналогичные результаты были получены при поиске (name:"atp dependent" name:"recd like" name:dna name:helicase taxonomy:"deinococcus thermus").

Я произвел три поиска с пепсином. Первое - без ограничений по таксонам показало, что пепсин последовательностей по пепсину в базе немного. Второе - среди животных выявило, что большая часть всех пепсинов относится к животным, в том числе все, имеющие статут Reviewed. Последний - среди зеленых растений дал мало результатов, многие из которых были лишь пепсиноподобными (pepsin-type) последовательностями. Результат не удивителен, ведь пепсин - фермент, вырабатываемый клетками желудка и предназначенный для расщепления белков до пептидов, такая задача не стоит перед большинством зеленых растений (кроме хищных, однако пепсин был найден у кукурузы).

Действительно, по запросу трипсин Uniprot находит ингибиторы трипсина тоже. Это неудивительно, учитывая механизм поиска. Оказывается, ингибиторы трипсина составляют четверть от всех "трипсинов" и две трети от Reviewed-записей, что свидетельствует об активном их изучении.