Задание 3. Канонические и неканонические пары тимина (T).

1. Каноническая пара Т - А. Образует 2 водородные связи. Эта пара встречается наиболее часто.

2. Неканоническая пара Т - G. Образует 2 водородные связи. Но в отличие от канонической пары образование этих связей требует поворота оснований от их стандартного положения, следовательно углы отклоняются от оптимальных, а водородные связи становятся слабее.

3. Неканоническая пара Т - Т. Образует 2 водородные связи. Так же как и в паре T - G образование этих связей требует поворта со всеми вытекающими последствиями. Кроме того, связь двух пиримидиновых оснований означает, что расстояние между остовами меньше, чем обычно в спирали ДНК (пурин больше пиримидина). Значит, вероятность встретить такую пару в двуцепочечной ДНК дополнительно снижается.

4. Неканоническая пара T - C. Образует 2 водородные связи. Углы водородных связей выглядят на первый лучше, чем в парах 2, 3. Однако, два кислорода, торчящих в одну сторону, будут создавать довольно сильное напряжение на конформацию молекул. Следовательно, вероятность образования такой пары заметно ниже вышестоящих случаев.

5. Неканоническая пара T - U. Образует 2 водородных связи. Урацил по своему строению схож с тимином, за исключением метила в 5-положении. Но в отличие от пары T - T сдесь возникает существенное "но". ДНК и РНК в клетках бывают связаны очень редко, а урацил скорее будут образовывать каноническую для него пару с аденином, нежели своим ДНК-собратом. Однако, если в клетке будут "плавать" отдельные нуклеотиды, то образование такой связи реально, впрочем, как и всех остальных.