Банки нуклеотидных последовательностей

Характеристика качества сборки генома эукариота

Я выбрал объект со следующим таксономическим положением:

Eukaryota
Viridiplantae
Chlorophyta
Chlorophyceae
Chlamydomonadales
Chlamydomonadaceae
Chlamydomonas
Chlamydomonas asymmetrica

Для данного организма есть тольк одна сборка уровня "Scaffold". У сборки имеется один проект и один образец.

Рассмотрим подробнее BioSample:

Accession number: SAMD00049914
Организм: Chlamydomonas asymmetrica
Имя образца: NIES-2207
Название проекта: геномный анализ видов Хламидомонад
Описание: Keywords: GSC:MIxS;MIGS:4.0
BioProject: PRJDB4711 Chlamydomonas

И теперь BioProject

Accession number: PRJDB4711
Тип данных: Сборка и секвенирование генома
Организм: Chlamydomonas
Актуальность: эволюция
Количество объектов: 4

Перейдем к сборке нашего организма.

Уровень сборки: Scaffold
Представленность генома: полная
WGS проект: BDDA01
Размер генома: 141,916 Мб
Число скэффолдов: 4102
N50 скэффолдов: 114158
L50 скэффолдов: 360
Число контигов: 14534
N50 контигов: 22718
L50 контигов: 1696
Длина наибольшего скэфолда: 888611
Длина наименьшего скэфолда: 1000

Файл с таблицей длин скэффолдов и их ID. Последовательность одного из скэффолдов в fasta-формате. В WGS-проекте скэффолды названы контигами, соответственно, данных о контигах там нет, поэтому некоторые величины даны только по скэффолдам.

Описание 10 ключей (Feature Key), используемых в таблицах особенностей

Feature key:	Определение:	Пример:
centromere	экспериментально охарактеризованный регион, описанный как центромера
D_segment	разнообразные сегменты тяжелой цепи иммуноглобулина и бета-цепь рецептора Т-клеток
exon	область генома, кодирующая части и, р и тРНК, которые останутся, после сплайсинга
gap	пробел в последовательности
iDNA	промежуточная ДНК; ДНК, которая удаляется посредством любого типа рекомбинации
misc_binding	сайт в нуклеиновой кислоте, ковалентно или нековалентно связанный с другим участком, который не может быть описан никаким другим ключом связывания
mobile_element	область генома, содержащая мобильный элемент
modified_base	указанный нуклеотид является модифицированным и должен быть заменен на указанную молекулу
mRNA	информационная РНК, включая 5'нетранслируемый участок, кодирующий фрагмент и 3'нетранслируемый участок
polyA_site	сайт на транскрибированной РНК, к которому будет добавлены аденины во время посттранскрипционного полиаденилирования

Описание состояния дел в геномном проекте

Я бы хотел рассказать о проекте по изучению 1000 геномов грибов. Грибы, насчитывая около 1,5 миллионов видов, представляют одну из крупнейших ветвей "Древа Жизни". Их влияние на хозяйство людей и экосистему в целом очень велико. Они являются и патогенами, и симбионтами, и редуцентами. Они способны разлагать практически любой биополимер, таких возможностей нет даже у бактерий. Но использование грибов на благо человеку требует точного понимания, как они взаимодействуют в естественных и искусственных сообществах. Проект был рассчитан на 5 лет. Начался он 7 ноября 2011 года. Рассчитывалось взять по 2 вида из 500 различных семейств грибов. Цель проекта - заполнить пробелы в "Древе Жизни" грибов, а в дальнейшем предоставлять справочную информацию исследователям. Проект проводит международная исследовательская группа в сотрудничестве с Joint Genome Institute министерства энергетики (США). К данному моменту проект почти завершен. Один из последних релизов был 17 октября 2016 года.

Таблица митохондриальных генов организма отдела Rhodophyta

Поиск проводил по запросу (("Rhodophyta"[Organism] AND mitochondrion[Title]) AND complete[Title]) AND (genome[All Fields] OR sequence[All Fields]). Было обнаружено 94 результата , из них 60 - в GenBank, 34 - в RefSeq. Выбрал митохондриальный геном Porphyra purpurea. У порфиры 29 митохондриальных генов. Данные были занесены в таблицу.

Таблица длин геномов разных таксонов

	Минимальный, пн	Типичный, пн	Максимальный, пн
Вироиды	120 (Avocado sunblotch viroid)	300	475(Citrus exocortis viroid isolate D-104)
Вирусы, бактериофаги	220(Rice yellow mottle virus satellite)	4000	2473870(Pandoravirus salinus)
Бактерии, археи	72073(Acinetobacter baumannii)	5000000	14782125 ( Sorangium cellulosum)
Эукариоты	662517(Corbicula fluminea)	40000000	27602653187(Pinus lambertiana)