Знакомство с филогенетическими деревьями.
Для построения филогенетического дерева выберем из списка бактерий 8 видов. Виды перечислены в таблице ниже.
Скобочная формула для полученного дерева: | Название | Мнемоника |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | LACDA |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris | LACLM |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
| Staphylococcus epidermidis | STAES |
| Streptococcus pyogenes serotype M1 | STRP1 |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN |
(((STAAR,STAES),LISMO) , ((LACDA,LACAC),(LACLM,(STRP1,STRPN))));
Тривиальными ветвями называют те ветви, которые связывают один организм со всеми другими, все остальные ветви - нетривиальные. Выпишем все нетривиальные ветви нашего дерева:
1) {STAAR, STAES} против {LISMO, LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN}
2) {STAAR, STAES, LISMO} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN}
3) {LACDA, LACAC} против {STAAR, STAES, LISMO, LACLM, STRP1, STRPN}
4) {STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC, LACLM}
5) {LACLM, STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC}
1) {STAAR, STAES} против {LISMO, LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN}
2) {STAAR, STAES, LISMO} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN}
3) {LACDA, LACAC} против {STAAR, STAES, LISMO, LACLM, STRP1, STRPN}
4) {STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC, LACLM}
5) {LACLM, STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC}
Всего имеем 5 нетривиальных ветвей. Используя таксономический сервис NCBI определим, к каким таксонам относятса отобранные бактреии и какие нетривиальные ветви выделяют какие-либо таксоны. Названия бактерий и соответствующие таксоны указаны в таблице ниже.
| Название | Мнемоника | Таксономия |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | LACDA | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus |
| Lactococcus lactis subsp. cremoris | LACLM | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus; |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria |
| Staphylococcus aureus | STAAR | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| Staphylococcus epidermidis | STAES | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| Streptococcus pyogenes serotype M1 | STRP1 | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus |
| Streptococcus pneumoniae serotype 4 | STRPN | Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus |
Как изначально и было известно они все пренадлежат отделу формикут. Далее рассмотрим нетривиальные ветви:
1) {STAAR, STAES} против {LISMO, LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN} - Staphylococcaceae vs other
2) {STAAR, STAES, LISMO} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN} - Bacillales vs Lactobacillales
3) {LACDA, LACAC} против {STAAR, STAES, LISMO, LACLM, STRP1, STRPN} - Lactobacillaceae vs other
4) {STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC, LACLM} - Streptococcus vs other
5) {LACLM, STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC} - Streptococcaceae vs other
1) {STAAR, STAES} против {LISMO, LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN} - Staphylococcaceae vs other
2) {STAAR, STAES, LISMO} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1, STRPN} - Bacillales vs Lactobacillales
3) {LACDA, LACAC} против {STAAR, STAES, LISMO, LACLM, STRP1, STRPN} - Lactobacillaceae vs other
4) {STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC, LACLM} - Streptococcus vs other
5) {LACLM, STRP1, STRPN} против {STAAR, STAES, LISMO, LACDA, LACAC} - Streptococcaceae vs other
© Maximov Vladislav, 2019.
