Белок описан на NCBI как RecQ ДНК хеликаза.

С помощью сервиса CDD и базы данных КОГов выбрал КОГ, к которому по моему мнению относится мой белок. Как и ожидалось нашлось несколько хитов (совпадений) (показано на рис.1). Диапазон e-value составляет от 0 до 8е-03, интервал перекрытия от нескольких десятков до 600 (у лучшего), при длине белка 824 аминокислоты.

Идентификатор выбранного КОГа - COG0514. Его e-value = 0, КОГ встречается в белке с 10 по 610 аминокислоту (из 824). Название КОГа - Superfamily II DNA helicase RecQ (Суперсемейство II ДНК-геликазы RecQ), COG0514, категория - L: Replication, recombination and repair (репликация, рекомбинация и репарация).

Пользовался сервисом STRING, идентификатор нашего белка DR_1289. Выдача представляет собой граф взаимодействий, где узлы - белки (большие - с известной 3D структурой, маленькие - с неизвестной), стороны - различные взаимодействия (каждый цвет обозначает определенный тип взаимодействий). Параметры:
- minimum required interaction score: 0.7;
- max number of interactors to show: 10 по первой оболочке, по второй - 0. На рис.2 показан изначальный граф со всеми видами взаимодействий, он загружен информацией, и понять что-либо очень сложно. Поэтому были выключены те взаимодействия, в которые наш белок не вступает: gene fusions и co-occurrence. На рис.3 (под рис.2) видим упрощенный граф.

Из графа видно, что белок имеет большое количество как предсказанных, так и экспериментально доказанных (что особенно важно) взаимодействий. Так же из таблицы на рис.4 видно, что все(!) взаимодействия с 10 другими белками экспериментально подтверждены и имеют высокую достоверность.

Рассмотрим некоторые белки из окружения нашего. Например, рекомбиназа А, эндонуклеаза, топоизомераза 1 типа, гиразы (относятся к группе топоизомераз). Все они участвуют в функциях категории нашего КОГа: репликации, рекомбинации и репарации.

На картинке ниже отображено геномное окружение нашего КОГа. Никаких закономерностей и паттернов не обнаружено.

Использовал поиск по fasta-последовательности белка сервиса AmiGO. Лучшая находка - ATP-dependent DNA helicase RecQ из Geobacter sulfurreducens PCA с e-value = 1.0e-167, identities = 320/605 (52%), positives = 405/605 (66%). Из чего можно сделать вывод, что это не наш белок, но очень близкий гомолог. Этот белок выполняет ту же функцию, что и наш, так что без проблем будем использовать его в дальнейшем. Его идентификатор UniProt - Q74ER2. Он имеет 2 ассоциации В таблице 1 указаны термины GO, отнесенный к нашему белку. В таблице 2 - описание встреченный кодов типа достоверности.

Существует глобальный проект gene ontology, целью которого является систематизация наших данных о белках и последовательностях. В этом практикуме мы знакомились с работой этого механизма. Вначале мы искали КОГ, к которому относится наш белок. Мы заведомо знали функцию нашего белка, поэтому не было ничего удивительного в том, что КОГ представлял собой суперсемейство геликаз (наш белок - геликаза). Но если бы мы ничего не знали о белке, то эта информация была бы ценной.
Далее с помощью STRING посмотрели связи нашего КОГа с другими белками. В выдаче STRING находятся только те белки, с которыми есть предполагаемое или доказанное взаимодействие, причем, мы можем знать, насколько достоверно данное взаимодействие.
В конце, с помощью сервиса AmiGO нашли ближайший гомолог нашего белка с терминами GO. К сожалению, это не был именно наш белок, но его гомология не вызывает сомнений и мы могли перенести термины GO с того белка на наш.
Gene ontology мощный механизм, позволяющий классифицировать белки по различным параметрам, либо узнавать свойства новых белков,