Membrane proteins

1. База данных OPM

Выданный белок имеет идентификатор 3h90_А. Это бактериальный цинковый транспортер Escherichia coli. Предсказание расположения в мембране данной субъединицы белка согласно базе данных OPM изображено ниже (p-сторона направленна вверх).

В качестве примера белка, трансмембранная часть которого содержит β-листы, а не α-спирали, был взят мальтопорин (1af6) Escherichia coli. Сводные параметры для данных белков приведены в таблице ниже.

Характеристика	Белок с α-спиралями	Белок с β-листами
Толщина гидрофобной части мембраны	29.6 ± 0.8 Å	25.1 ± 0.7 Å
Координаты трансмембранных спиралей (для одной субъединицы)	1(17-30), 2(42-58), 3(82-103), 4(118-136), 5(148-158), 6(179-198)	1(2-13), 2(39-48), 3(58-68), 4(75-88), 5(98-103), 6(125-132), 7(138-146), 8(170-179), 9(185-194), 10(213-221), 11(227-235), 12(269-278), 13(284-293), 14(305-314), 15(320-329), 16(343-352), 17(361-370), 18(411-420)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной единице белка	16.17	8.89
В какой мембране находится белок	Внутренняя часть мембраны	Внешняя часть мембраны

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Для начала скачали fasta-файл с последовательностью аминокислот субъединицы белка. Далее эту последовательность дали на вход программам TMHMM и Phobius. На картинке ниже представлен графический выход TMHMM. Текстовый вывод TMHMM

На данном графике по оси х отложен номер аминокислоты в последовательности, а по оси у - 3 линии, показывающие вероятности того, что данная аминокислота расположена внутри клетки, снаружи или в трансмембранном пространстве. В сумме эти вероятности дают 1. Если сравнить эти результаты с выдачей базы данных OPM, то увидим, что области в целом верно определены, лишних трансмембранных участков нет, однако, границы этих участков часто искажены.

Следующий на очереди Phobius, его текстовый вывод, картинка - ниже.

Графическая выдача Phobius во многом эквивалентна выдаче TMHMM, однако Phobius учитывает вероятность того, что аминокислота принадлежит сигнальному пептиду. Предсказание Phobius более точное, нежели TMHMM, но все еще далеко от реальных данных.

3. База данных TCBD

ТС-код аналогичен системе классификации ферментов, за исключением того, что она включает в себя еще и филогенетическую информацию. Транспортные системы классифицируются по пяти критериям, каждый критерий соответствует одному из пяти номеров или букв в ТС-коде. Таким образом, код обычно имеет пять компонентов следующего вида: V.W.X.Y.Z. Где V (число) соответствует классу транспортера, W (буква) - подкласс транспортера, например в случае первичных активных транспортов относится к источнику энергии, используемому для транспортировки, X (число) соответствует семейству транспортеров, Y (число) соответствует подсемейству, в котором находится транспортер и Z соответствует конкретному транспортеру с конкретным субстратом или диапазоном транспортируемых субстратов. ( оригинал)
В результате поиска в базе данных TCBD. Белок 3h90 был найден с идентификатором 2.A.4.7.1. Белок 1af6 - с ИД 1.B.3.1.1.