Задание 1.
|
№ мотива
|
количество последовательностей(из 9)
|
координаты(мой белок)
|
P-value(мой белок)
|
длина
|
E-value
|
| 1. | 7 | 110-151 | 72е-51 | 41 | 1.1е-128 |
| 2 | 5 | 157-203 | 6е-55 | 46 | 3.7е-107 |
| 3 | 4 | 241-291 | 6.72е-60 | 50 | 1.3е-084 |
Задание 2.
Мотив 1.
Мотив 2.
Мотив 3.
Как видно из картинок, некоторые из обнаруженых MEME мотивов в muscle прерывается, например мотив 1 из-за вставки в белке AGAL_RHIME, а 3 из-за вставок в этом же белке и в PALH_ERWRD. Но в целом мотивы выравнены и легко находятся.
Задание 3.
mastout.htmlМотив 3 встречается в 3 из 8 последовательностей (homologous - не учитываю, это не последовательность,я сама вводила его для предыдущих заданий), мотив 1 встречается только в AGLA_THEMA, а 2 нигде, таким образом ни в одной из последовательностей нет всех трех мотивов.
Для MALH_FUSMR и GLVA_BACSU выравнивание полностью соответствует мотивам, а вот в случае с LICH_BACSU и AGLA_THEMA уже нет. Так у LICH_BACSU лишь 13 совпадений (из 50! возможных), а у AGLA_THEMA 15 из 41.