Белок из 7-ого практикума - А-субъединица ДНК-топоизомеразы 4 - очень консервативен: у последних 10 белков (при выдаче 5000 последовательностей) E-value равен 0.0. Я выбрала белок "DNA-binding protein H-NS"(ДНК-связывающий белок H-NS).
Все параметры выставлены по умолчанию, кроме database - UniprotKB/Swiss-Prot.
Скорей всего, белки гомологичны.
ID | R1A_MERS1 |
AC | K9N638 |
Название вируса | Middle East respiratory syndrome-related coronavirus |
Вирусные белки |
|
В blast все параметры, кроме database(Swiss-Prot), по умолчанию.
Выбранные последовательности:
Скорей всего, белки гомологичны.
Поисковый запрос без ограничения по таксонам
Поисковый запрос среди вирусов
Выбрана находка в конце списков(AC ASU90702.1). Score в обоих случаях - 343, E-value по всей базе - 2e-68, среди вирусов - 2e-69.
\[E\text{-}value = Kmne^{-\lambda S}\] \[n = {E\text{-}value \over {Kme^{-\lambda S}}}.\] $$\omega = {n\text{-}vir \over n\text{-}total} = {E\text{-}value(vir)Kmne^{-\lambda S(total)} \over E\text{-}value(total)Kmne^{-\lambda S(vir)}} = {{E\text{-}value(vir) \over E\text{-}value(total)}*{e^{-\lambda (S(total) - S(vir))}}} = {{E\text{-}value(vir) \over E\text{-}value(total)} * e^0}$$ $$\omega = {E\text{-}value(vir) \over E\text{-}value(total)}$$ $$\omega = {2*10^{-69} \over 2*10^{-68}} = {0.1}$$
Доля вирусных белков - примерно 10%