На главную
I семестр

Особенности аминокислотного состава белка THIE_BACSU

  1. Последовательность белка THIE_BACSU в формате FASTA
    >sp|P39594|THIE_BACSU thiamine-phosphate pyrophosphorylase
    MTRISREMMKELLSVYFIMGSNNTKADPVTVVQKALKGGATLYQFREKGGDALTGEARIKFAEKAQAACREAGVPFIVN
    DDVELALNLKADGIHIGQEDANAKEVRAAIGDMILGVSAHTMSEVKQAEEDGADYVGLGPIYPTETKKDTRAVQGVSLI
    EAVRRQGISIPIVGIGGITIDNAAPVIQAGADGVSMISAISQAEDPESAARKFREEIQTYKTGR
  2. Длина последовательности - 222 аминокислотных остатка
  3. Молекулярная масса белка THIE_BACSU - 23649 а.е.м.
    Подробнее см. книгу Credit2.xls, лист MW
  4. Аминокислотный состав белка THIE_BACSU
    Аминокислота Частота Комментарии
    A 13,06%

       Самые частые аминокислотные остатки в моем белке:   
         Аланин (13,06%)
         Глицин (9,91%)
         Изолейцин (9,01%)
       Самые редкие аминокислотные остатки в моем белке:   
         Гистидин (0,90%)
         Цистеин (0,45%)
         Триптофан (отсутствует)

    С 0,45%
    D 5,86%
    E 8,11%
    F 2,25%
    G 9,91%
    H 0,90%
    I 9,01%
    K 6,31%
    L 4,95%
    M 3,15%
    N 2,70%
    P 3,15%
    Q 4,50%
    R 5,41%
    S 4,95%
    T 5,41%
    V 7,66%
    W 0%
    Y 2,25%
  5. Средний элетрический заряд молекулы белка
    pH среды Заряд, |e|
    3 27,05
    7 -4,17
    9 -6,82
    где |e| - абсолютная величина элементарного заряда.
    Используя данные о pK аминокислотного остатка по формуле q = 10^(pH-pK) я нахожу заряд q, которым обладает аминокислотный остаток при данном pH.
    Далее, умножая полученные значения для остатков на число этих остатков и суммируя результаты, узнаю суммарный заряд для белка в данной среде
    (считаем, что белок не гидролизуется при данных pH, а сохраняет свою целостность)
  6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также со средним аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии



    Мембранные белки, как правило, содержат больше гидрофобных, чем гидрофильных остатков аминокислот.
    В моем белке присутствует примерно поровну гидрофильных и гидрофобных остатков аминокислот, что свойственно чаще немемембранным белкам.
    Вывод: белок, видимо, немембранный.
    Подробнее см. книгу thiE_Bacsu.xls, лист HPhob_comparison
  7. Длины белков в организме бактерии, особенности длины моего белка

    Большинство белков в организме Bacillus subtilis имеют длину не больше 500 аминокислот, белков длиной больше 1000 аминокислот практически нет.
    Длина моего белка приходится на пик статистического распределения длин белков в организме бактерии (всего 1024 белка с длиной из данного диапазона),
    т.е. ничем не выделяется среди среднестатистических белков не только по аминокислотному составу, но и по количеству аминокислот.
    Подробнее см. книгу thiE_Bacsu.xls, лист prot_length
© Борисевич Д, 2009