Отчет по заданиям практикума №6

Задание по протеомам

Таблица 1. Информация о протеомах

Organism UiProt Proteom ID Number of sequences Number of aminoacids
Marinomonas mediterranea (strain atcc 700492) UP000001062 4118 1345423
Escherichia coli (strain K12) UP000000625 4313 1351622 (1351619 без селеноцистеина)

Для поиска количества последовательностей использовалась команда: cat Имя-файла.fasta| grep -c '>'

Для поиска количества каждой аминокислоты в каждом протеоме команда wordcount с соответсвующими опциями.

Таблица 2. Содержание аминокислот в протеомах изучаемых организмов

Aminoacid In Marinomonas mediterranea proteom In E.Coli K12 proteom Differences,%
L 11,65% 10,68% 0,98%
A 9,40% 9,51% 0,11%
S 8,21% 5,80% 2,41%
V 7,84% 7,07% 0,77%
G 7,50% 7,37% 0,13%
E 7,23% 5,77% 1,46%
I 7,06% 6,01% 1,05%
D 6,33% 5,15% 1,19%
T 6,04% 5,39% 0,65%
K 5,94% 4,41% 1,54%
R 5,14% 5,52% 0,38%
N 4,66% 3,94% 0,72%
F 4,64% 3,89% 0,74%
Q 4,57% 4,44% 0,13%
P 4,32% 4,43% 0,11%
Y 3,35% 2,84% 0,51%
M 2,81% 2,82% 0,01%
H 2,45% 2,27% 0,18%
W 1,37% 1,53% 0,16%
C 1,12% 1,16% 0,04%

Все рассчеты проводились в программе Excel. Таблица в Excel
В таблице 2 предстваленны данные об аминокислотном составе протеомов исследуемых организмов. У Marinomonas mediterranea наиболее частые аминокислоты это лейцин, аланин и серин. У E.Coli самые часто встречающиеся это также лейцин и аланин, а третья - глицин. Самая большая разница в пользу Marinomonas mediterranea - 2,41% среди серина. А в пользу E. Coli самая большая разница - 0,38% среди аргинина. А у Marinomonas mediterranea больше лизина. Аминокислоты похожи по свойствам, и вероятно, могут в чем-то заменять друг друга. Самыми редкими у Marinomonas mediterranea явялются гистидин, триптофан и цистеин, как и у E. Coli.
© Нестеренко Екатерина 2018