Описание программ

Раздел N1. Bash.

Bash - одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX.

В данном разделе будут перечислены потоки, операторы перенаправления потоков, а также спецсимволы, которые я освоил.

В Bash есть потоки:

0 (stdin) - стандартный поток входа. По умолчанию содержит в себе все, что набирает пользователь в консоли.
1 (stdout) - стандартный поток вывода.
2 (stder) - стандартный поток ошибок.

Содержание последних двух потоков обычно отображается в консольном окне.

Операторы перенаправления используются для изменения местоположения потоков ввода и вывода команд.

Вот их список:

> - перенаправление вывода. Используют для перенаправления вывода из одной команды в какой-либо файл. К примеру, "echo Hello, world! 1> file.fileformat" перенаправит "Hello, world!" в лежащий в данной директории файл с именем "file" и форматом "fileformat". При этом данный файл перезаписывается.
>> - тоже перенаправление вывода. Но, в отличие от первого случая, файл дополняется с конца, а не перезаписывается.
< - перенаправление ввода.
&> - перенаправление потоков вывода и ошибок одной команды в файл.
| - конвеер. Служит для направления вывода одной команды на вход другой команды.

Cуществуют еще спецсимволы. Вот несколько их примеров:

"?". Означаеи любой один символ, если является маской файла. Иначе же проверка выполнения условия.
"*". Означает некоторое множество любых символов.
";". Означает разделение нескольких команд.
"~/". Означает личную директорию пользователя.
"./". Означает текущую директорию.
"../". Означает родительскую директорию.
"\". Следующий символ после "\" будет восприниматься буквально.
"!number". Позволяет использовать команды, которые ранее уже были использованы.
",". Означает перечисление.
"^". Означает начало строки.
"$". Означает конец строки или подстановку переменной. Установка данного символа перед именем переменной означает, что будет получено значение данной переменной.
"[]". Означают любой символ, выбираемый из указанного множества, но только если является маской файла. Иначе проверяется истинность выражения, что внутри скобок.

Стоит заметить, что в двойных кавычках не интерпретируются большинство символов, а в одинарных - все.

Раздел N2. EMBOSS.

Infoseq является консольной командой из пакета EMBOSS. Используют для поиска и получения основной информации о последовательностях. С ее помощью можно найти информацию о белках.

В таблице я дал описание нескольким параметрам.

Параметр	Описание.	Пример.	По умолочанию.
-outfile	Вывод результата в определенный файл.	infoseq -outfile filename.fileformat sw:SCO1_BACSU	Не используется.
-columns	При использовании показывает колонками.		Используется.
no	префикс для отрицания команды.	infoseq -nocolums sw:SCO1_BACSU
-delimiter	Если -columns не используется, то создает свой разделитель.	infoseq -nocolumns -delimiter arrr! sw:SCO1_BACSU	Не используется.
-description	Выводит описание.		Используется.
-only	Выводит результат только с параметрами, указанными в команде.	infoseq -description -only sw:SCO1_BACSU	Не используется.
-ac	Выводит колонку accession number (код доступа).		Используется.
-length	Выводит длину последовательности.		Используется.
-name	Выводит название белка.		Используется.
-type	Выводит тип белка.		Используется.
-database	Выводит название базы данных, откуда взята информация.		Используется.
-organism	Выводит организм, в котором нашли данный белок.		Используется.

Также, можно в консоль ввести "infoseq -help" для получения описания нескольких команд. А если ввести "infoseq -help -verbose", то можно получить еще больше информации.