 |
 |
|
|
Идентификатор PDB: 1XZO. Название белка: Гипотетический белок ypmQ. Количество цепей: 2 цепи. А и B. Существуют лиганды, состоящие из Ca и Cd. 
Рис.1 Изучаемый белок. Цепи белка светлеют по направлению к С-концам. Зеленым отмечены лиганды и вода. Анализ структуры альфа-спиралей и бета-листов в цепи B белка с кодом PDB 1XZO На рисунке показаны альфа-спираль и бета-лист, состоящий из четырех бета-тяжей. 
Рис.2 Альфа-спираль и бета-лист.
Рис.3 Мы находим шаг спирали и число остатков спирали на один виток.
Спираль состоит из 14 аминокислот. Измеряется при этом только 10. Мы выяснили,
что шаг спирали равен 5 ангстремам. А один виток равен 3.3 аминокислоты. остаток с номером n образует связи с остатками с номерами n+4 и n-4.
 
Рис.4 Бета-лист. На первом рисунке мы видим, что все тяжи параллельны, а на втором - что они образуют "пропеллер"
Внутримолекулярные взаимодействия боковых групп белка в цепи Y структуры XXXX 
Рис.5 Потенциальный цистеиновый мостик. Вероятно, при каких-то условиях две молекулы могут образовать мостик. Желтым отмечена сера, синим - азот, красным - кислород, а серым - углерод 
Рис.6 Солевой мостик между аспарагиновой кислотой и аргинином. красным отмечен кислород, а синим - азот. серым отмечено все остальное. Аспарагиновая кислота вверху, а аргинин - снизу.
|
 |
 |
|