 |
 |
|
|
Лиганды в структуре 1XZO 
Рис.1 Лиганды в белке.В данном белке были найдены лиганды довольно простые: Ca и Cd. Зеленым помечен Ca, а фиолетовым - Cd.
Белок в ширину равен примерно 68 ангстремам (6.8 нм, 6.8*10-9м), в высоту и толщину 36 ангстремам(3.6 нм, 3.6*10-9м). Размеры лиганды скромны. От 1.5 до 3 ангстрем(0,15-0,3 нм, 0,15*10-9-3*10-9м) Решено было изучать лиганд Cd. Анализ области контакта белка из структуры PDB 1XZO и лиганда Cd
Рис.2 Лиганд Cd в окружении воды и глутаминовой кислоты. Вода помечена красным, лиганд кадмий - синим, глутаминовая кислота - оранжевым. Зелененькое вдалеке - лиганд кальций. Лиганд удерживает вокруг себя аминокислоты и воду благодаря координационной связи. 
Рис.3 Схема лиганда Cd в окружении воды и глутаминовой кислоты. Образуется координационная связь, а также водородная(но не с cd). Возможно, Вам будет интересно посмотреть, какими скриптами можно создать первые два изображения в Jmol'e. Их можно скачать одним файлом: script.txt |
 |
 |
|