BLAST

Сравнение матриц аминокислотных замен

Таблица N1. Результаты поиска гипотетических гомологов изучаемого белка (SCO1_BACSU).

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)
Accession	P54178	1XZO_A	YP_006630375.1
E-value	1e-140	8e-126	3e-139
Вес (в битах)	397	356	398
Процент идентичности	100%	99%	100%
2. Число находок с E-value < 10^–10	3-4(четвертый результат равен 1e-10)	3	796
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	39	21	3664
Accession	Q5F6X5	2OBI_A	WP_002155378.1
E-value	0.94	0.80	0.99
Вес (в битах)	33.5	30.0	37.7
% идентичности	25%	26%	24%
% сходства	40%	46%	43%
Длина выравнивания	122	92	157
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	57 to 163 271 to 377	32 to 118 27 to 114	35 to 188 13 to 155
Число гэпов	30	9	17

Искомый белок удалось найти и в "nr", и в Swiss-Prot. К сожалению, в PDB удалось найти только очень похожий белок (Идентичность равна 99%).

В PDB число явных гомологов меньше, чем в Swiss-Prot, а в Swiss-Prot число явных гомологов меньше, чем в nr. Объясняется это просто. PDB является базой данных для 3D структур белков. В nr хранятся предполагаемые белки, которых в разы больше подтвержденных.

Номер последней находки Swiss prot: 59.PDB: 39 .nr: 4218.

Лимит был задан значением E-value.

Таблица N2.Лучшая находка в наиболее далеких таксонах (Здесь - Eukaryota).

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)
Номер находки в списке описаний	1	1	1
Accession	Q9ZCW7.1	2GGT_A	XP_640724.1
E-value	5e-17	4e-08	2e-09
Вес (в битах)	56.2	49.7	62.8
% идентичности	31%	29%	31%
% сходства	55%	47%	53%
Длина выравнивания	155	146	156
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	34 to 171 52 to 189	34 to 173 5 to 144	34 to 185 156 to 303
Число гэпов	10	12	12

BLAST двух последовательностей.

Были составлены две карты локального сходства изучаемого белка и его гомолога Q9ZCW7.1. Был использован разный порог E-value (один равен 10, другой - 0.01)

Карта локального сходства с порогом E-value, равным 10.

Query  34   PFTFQNQDGKNVSLESLKGEVWLADFIFTNCETICPPMTAHMTDLQKKLKAENIDVRIIS  93
            PF   +Q+G+  + + L+G + L  F FT+C  ICP     +T++ + L    ID+  + 
Sbjct  52   PFELIDQNGEIFNSDKLRGHLSLIYFGFTSCPDICPTSLNKITNIVEILHQNKIDIIPVF  111

Query  94   FSVDPENDKPKQLKKFAANYPLSFDNWDFLTGYSQSEIEEFA--LKSFKAIVKKPEGEDQ  151
             +VDP+ D P+ LK++  N+   F +   LTG ++ +I++     K F A V   + +DQ
Sbjct  112  ITVDPKRDTPEVLKEYIKNFHPKFIS---LTG-NEHQIKDVTDKFKVFYARVNS-DNDDQ  166

Query  152  --VIHQSSF-YLVGPDGKVLKDY  171
              +I  SSF YL+  +G+ +K +
Sbjct  167  NYMIDHSSFTYLIDKNGRYMKHF  189

Парное выравние двух последовательностей с порогом E-value, равным 10.

Скачать выравнивание можно по ссылке: SCO1homolog10.fasta

Карта локального сходства с порогом E-value, равным 0.01.

blast

Рисунок 1. Парное выравнивание двух последовательностей с порогом E-value, равным 0.01.

Скачать выравнивание можно по ссылке: SCO1homolog001.fasta

1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)

2. Число находок с E-value < 10–10

3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)

1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)

2. Число находок с E-value < 10^–10