Поиск мотивов, программы MEME и MAST

На вход программе MEME был подан набор невыровненных последовательностей. Последовательности взяты из файла eukseq.fasta

meme.html - полученные данные.

В талице N1 указана информация о мотивах.

Таблица N1Информация о мотивах

Мотив	Число последовательностей в нем	Длина мотива	E-value	LOGO
1	12 из 14	36	3.9e-191
2	13 из 14	29	2.6e-129
3	12 из 14	28	6.9e-121

Сравнение мотивов

Здесь я сравненил мотивы с последовательностью, выравненной с помощью muscle. На рисунках 1, 2, 3 показаны выравнивания.

Рисунок N1,2,3. Сравнение мотивов и полного выравнивания. Первый мотив подставляется к 461 остатку. Второй мотив подставляется к 538 остатку. Третий - к 651.

Скачать мотивы и полное выравнивание можно по ссылкам:muscle.jar, motif1.jar, motif2.jar, motif3.jar, project.jar (тут все выравнивания вместе).

Можно заметить, что в выравнивании, сделанном muscle, присутствуют гэпы в местах, которым соответствуют мотивы. К примеру, на участке выравнивания, соответветствующему мотиву N1 с 451 и до 453 идет участок гэпов, а на 465 участке стоит "L", который не присутствует в других последовательностях. Meme первый кусок "заметила", а вот второй - нет.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях

С помощью программы MAST был проведен поиск мотивов в выравнивании seed'a фрагментов белков, соответствующих домену.

Файл, который был использован программой MAST: domain.fasta

mastout.html

В шести из шести последовательностей был найден мотив N1. В пяти из шести был найден мотив N3. Ни в одной из последовательностей не был найден мотив N2.

Таким образом, ни в одной из последовательностей все мотивы не были найдены.

На самом деле, выравнивание домена могло бы соответствовать мотивам. Но из-за появления гэпов на месте, которому мог бы соответствовать мотив, выравнивание не соответствует . На рисунке 5 показан этот участок выравнивания домена.

Рисунок 5. Место, которому мог соответствовать мотив N2. Вверху показан участок выравнивания домена. Внизу - видоизмененный мотив N2.