Доменная архитектура изучаемого белка (SCO1_BACSU).

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме: в данном домене известно начало, но продолжение не найдено. Наличие лишь предполагается.
№	Pfam AC.	Pfam ID.	Полное название семейства доменов.	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU.	Клан.
1.	PF02630.	семейство SCO1/SenC.	Семейство доменов названо в честь белков SCO1 и SenC. SCO1 играет важную роль в пост-трансляционную стадию в накопление COXI и COXII - субъединиц цитохром с-оксидазы. SenC нужен для оптимальной активности цитохром с-оксидазы.	1–174.	Клан Thioredoxin (CL00172), содержит 45 семейств, у 7 неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF).

Таблица N1. Доменная структура белка SCO1_BACSU по данным Pfam.

Домен входит в 21 различных архитектур. Для 2856 белков известны последовательности. Для шести разных белков известны структуры.

Рисунок N1 Выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену.

domain.msf - ссылка на скачивание.

Пришлось выбрать новую архитектуру, так как в моей был только один домен.

Представленность домена PF02630 в организмах разных таксонов

Таблица N2. Представленность доменов PF02630 и PF11604 в организмах разных таксонов.

Как можно заметить, домен PF02630 представлен везде, кроме вирусов. А вот домен PF11604 представлен преимущественно в бактериях.

Рисунок N2. Мотивы белка SCO1_BACSU

Как можно заметить, в Pfam был показан домен SCO1/SenC, в то время как в InterPro - тиоредоксин.

Самым коротким мотивом является прокариотический мембранный липопротеин. В interpro он короче на два остатка (1-19), чем в pfam (1-21)

Самым длинным мотивом является тот же прокариотический мембранный липопротеин.

InterPro составлен "вручную" из многих баз данных, в то время как Pfam является одной из баз данных. Из-за этого в InterPro содержится более подробная информация.

InterPro - an integrated resource of protein families, domains and functional sites.