PSI-BLAST

Мною была выбрана случайная последовательность. Ей оказалась Q65664. Дальше был проведен поиск по non-redundant GenBank, так как refseq давал слишком мало результатов.

Результаты представлены на таблице N1.

Таблица N1. Информация об итерациях PSI-BLAST

Номер итерации	Число находок выше порога (E-value=0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	13	NP_658998.1	4e-53	ENH80566.1	0.065
2	19	ABF83488.1	1e-81	CAI28408.1	0.005
3	19	ABF83488.1	1e-81	CAI28408.1	0.005

Уже на третьей итерации результат стабилизировался.

На рисунке 1 приведено выравнивание белков.

Загрузить выравнивание можно по ссылке: psiblast.fasta

Рисунок 1. Выравнивание последовательностей, найденных с помощью PSI-BLAST для гомологов белка Q05121