Особенности белка, выявленные с помощью запроса SRS.

Я решил описать три особенности моего белка: сигнальную последовательность, домен и поворот цепи.

Сигнальная последовательность - последовательность аминокислот в составе белка, которая обеспечивает посттрансляционный транспорт белка в соответствующую органеллу или которая служит для того, чтобы с белком мог связаться какой-либо фермент. В изучаемом белке наличие этой последовательности предполагается.

ID   SCO1_BACSU_1;  parent: SCO1_BACSU
FT   SIGNAL        1     18       Probable.
SQ   Sequence    18 AA;
MKVIKGLTAG LIFLFLCA
//

Домен - специфическая комбинация вторичных структур, организованных в характерную трехмерную структуру или укладку.

ID   SCO1_BACSU_3;  parent: SCO1_BACSU
FT   DOMAIN       26    191       Thioredoxin.
SQ   Sequence   166 AA;
     DPLNYEVEPF TFQNQDGKNV SLESLKGEVW LADFIFTNCE TICPPMTAHM TDLQKKLKAE
     NIDVRIISFS VDPENDKPKQ LKKFAANYPL SFDNWDFLTG YSQSEIEEFA LKSFKAIVKK
     PEGEDQVIHQ SSFYLVGPDG KVLKDYNGVE NTPYDDIISD VKSAST
//

Поворот - участок белка, в котором происходит поворот цепи. У изучаемого белка таких поворотов несколько штук.

ID   SCO1_BACSU_21;  parent: SCO1_BACSU
FT   TURN        111    114
SQ   Sequence     4 AA;
     ANYP
//

ID   SCO1_BACSU_26;  parent: SCO1_BACSU
FT   TURN        149    152
SQ   Sequence     4 AA;
     EDQV
//

ID   SCO1_BACSU_19;  parent: SCO1_BACSU
FT   TURN         98    100
SQ   Sequence     3 AA;
     PEN
//

Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к изучаемому белку.

В банке трехмерных структур PDB находятся две записи. Их PDB-коды: 1ON4 и 1XZO. Их описание, полученное с помощью поиска SRS, дано по ссылке

Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка SCO1 из Bacillus subtilis

Я решил выбрать 10 белков из третьего результата для того, чтобы сохранить их полноразмерные последовательности в fasta формате. Ссылка на них

Таблица.xls