Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту (9) с помощью программы BLAST по алгоритму megablast со стандартными настройками в базе данных RefSeq был найден организм, которому и принадлежит данный фрагмент.

Данный фрагмент принадлежит Buchnera aphidicola str. Sg (Schizaphis graminum), AC записи RefSeq - NC_004061. Координаты данного фрагмента в записи (1145-1444) являются частью большего гена gidA, который кодирует белок GidA.

Поиск гомолога белка человека в слоне

Был выбран белок, идентификатор которого начинается с той же буквы, что и моя фамилия - YES_HUMAN. Далее была получена последовательность белка:

>YES_HUMAN P07947 Tyrosine-protein kinase Yes (2.7.10.2) (Proto-oncogene c-Yes) (p61-Yes)
MGCIKSKENKSPAIKYRPENTPEPVSTSVSHYGAEPTTVSPCPSSSAKGTAVNFSSLSMT
PFGGSSGVTPFGGASSSFSVVPSSYPAGLTGGVTIFVALYDYEARTTEDLSFKKGERFQI
INNTEGDWWEARSIATGKNGYIPSNYVAPADSIQAEEWYFGKMGRKDAERLLLNPGNQRG
IFLVRESETTKGAYSLSIRDWDEIRGDNVKHYKIRKLDNGGYYITTRAQFDTLQKLVKHY
TEHADGLCHKLTTVCPTVKPQTQGLAKDAWEIPRESLRLEVKLGQGCFGEVWMGTWNGTT
KVAIKTLKPGTMMPEAFLQEAQIMKKLRHDKLVPLYAVVSEEPIYIVTEFMSKGSLLDFL
KEGDGKYLKLPQLVDMAAQIADGMAYIERMNYIHRDLRAANILVGENLVCKIADFGLARL
IEDNEYTARQGAKFPIKWTAPEAALYGRFTIKSDVWSFGILQTELVTKGRVPYPGMVNRE
VLEQVERGYRMPCPQGCPESLHELMNLCWKKDPDERPTFEYIQSFLEDYFTATEPQYQPG
ENL

Был произведен поиск данного белка в геноме Loxodonta africana при помощи EMBL ENA.

E-Value лучшего выравнивания равен 0. Длина выравнивания - 543, identity - 97%,а координаты в геноме слона- 90550151->90604105. Интронов десять штук.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Для изучения была выбрана бактерия Chloroherpeton thalassium. В ее геноме была выбрана и вырезана в отдельный файл последовательность tRNA-Asp1.

FT   tRNA            236301..236378
FT                   /locus_tag="Ctha_R0002"
FT                   /product="tRNA-Asp"

>CP001100 CP001100.1 Chloroherpeton thalassium ATCC 35110, complete genome.
ggagccgtagctcagtttggttagagcgcctgcctgtcacgcaggaggccgcgggttcga
gtcccgtcggctccgcaa

Изучаемая бактерия принадлежит к порядку Chlorobiales.

Был произведен поиск гомологов с помощью алгоритмов megablast, blastn (обычной) и blastn (c длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) по базе данных refseq_genomic.

С каждым из алгоритмов были найдены одни и те же гомологи с одним и тем же identity. Отличия были только в E-value, Max score и Total score.

Таблица N1.Сравнение алгоритмов megablast, blastn (обычный) и blastn (c длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1) поиска гомологов последовательности tRNA-Asp