|
Сравнение количества контактов разной природы.
Таблица 1. Контакты разного типа в комплексе 1CF7.pdb
| Контакты атомов белка с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы |
17 |
6 |
23 |
| остатками фосфорной кислоты |
17 |
47 |
64 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
4 |
9 |
13 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
2 |
2 |
Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot
Рисунок 1. Популярная схема ДНК-белковых взаимодействий в структуре 1CF7.pdb
Больше всех контактов имел остаток Arg17(A)
Рисунок 2. Аргинин и два контактирующих нуклеотида. Аргинин покрашен в зеленый с синим(атомы азота).
Предсказание вторичной структуры тРНК
Таблица 2. Реальная и предсказанная структура тРНК 1EVV.pdb
| Участок структуры |
Позиции в структуре
(по результатам find_pair) |
Результаты предсказания
с помощью einverted |
Результаты предсказания
по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель |
5' 1-7 3'
5' 66-72 3'
Всего 7 пар |
Предсказано 0 пар из 7 |
Предсказано 6 из 7 |
| D-стебель |
5' 10-13 3'
5' 22-25 3'
Всего 4 пар |
Предсказано 0 из 4 |
Предсказано 4 из 4 |
| T-стебель |
5' 49-53 3'
5' 61-65 3'
Всего 5 пар |
Предсказано 5 из 5 |
Предсказано 5 из 5 |
| Антикодоновый стебель |
5' 38-44 3'
5' 26-32 3'
Всего 6 пар |
Предсказано 5 из 7 |
Предсказано 5 из 7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов |
23 |
10 |
20 |
Рисунок 3. Изображение, полученное с помощью mfold. Параметр поиска: P=25%.
|
