 |
 |
|
|
Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS С помощью SRS был выведен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae. REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218 REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184 REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620 REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933 REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874 REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161 REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940 REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643 REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888 REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751 REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816 REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177 REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431 REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333 REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291 REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066 Мне была задана десятая хромосома. Ее длина равна 745751, в ней 388 генов и 24 тРНК. Примеры генов: Ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов - HXT9, с координатами CDS: 19497..21200. Ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов - IMA5, с координатами CDS: complement(24341..26086). Ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон - RPL43B, с координатами CDS: join(608305..608306,608582..608858). Ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон - NCE101, с координатами CDS: complement(join(50139..50268,50412..50443)). Получение последовательности, кодирующей заданный белок На kodomo была выполнена команда "entret sw:SCO1_BACSU -outfile sw_SCO1_BACSU", где SCO1_BACSU - AC изучаемого белка в Swiss-Prot. В полученном файлу были найдены строки, начинающиеся с "DR EMBL". Сразу после "EMBL" идет AC записи EMBL. DR EMBL; L77246; AAA96641.1; -; Genomic_DNA. DR EMBL; AL009126; CAB14093.2; -; Genomic_DNA. Дальше был получен файл с полной записью EMBL (entret embl:SCO1_BACSU -outfile embl_SCO1_BACSU). Затем в файле были найдены координаты CDS на прямой цепи: 29167..29748. Теперь осталось использовать команду seqret -sask. Результаты были записаны в файл SCO1_BACSU_CDS.fasta. >L77246 L77246.1 Bacillus subtilis (YAC10-9 clone) DNA region between the serA and kdg loci. atgaaggttatcaaggggttaacggctgggctgatttttctgtttttgtgtgcatgcgga ggacagcagattaaagatccgctcaattacgaggtggagccttttacatttcaaaaccaa gacggcaagaacgtttctttagagagtttaaaaggagaagtatggctggcggattttatt tttaccaattgtgaaactatatgtccgccaatgaccgctcatatgaccgatctgcaaaaa aaactgaaagccggaaatatagatgtccgcatcatatcatttagtgttgatccagaaaac gataagccgaaacagctgaagaaatttgccgcaaattatccattatcttttgataactgg gattttctcacgggatacagccagagtgagattgaggagttcgcacttaagagctttaaa gcgatcgtaaagaagccggagggagaggaccaagtgattcatcaatcttctttttatttg gtaggtccggacggtaaggtgctgaaagattacaatggagtggagaatacaccgtacgat gatatcatttccgatgtgaagtcagccagtacactcaagtaa |
 |
 |
|