Задание 1

При использовании таксономического сервера NCBI были определено, к каким таксонам относятся отобранные в Занятии 1 бактерии.

Таблица 1. Набор бактерий из Занятия 1.

На дереве отобранных бактерий существуют следующие таксоны, выделенные ветвями: порядок Lactobacillales с семействами Lactobacillaceae и Streptococcaceae и порядок Bacillales с семействами Staphylococcaceae и Bacillaceae. Их можно увидеть на рисунке 1.

Рисунок 1. Филогенетическое дерево бактерий, отобранных в Занятии 1.

Задание 2

Для реконструкции филогенетического дерева были выбраны белки семейства "пептидил-тРНК гидролазы" (PTH).

Выравнивание проводилось программой Muscle. Полученное выравнивание: pth_align.fasta. Выравнивание, сделанное в JalView: pth_task2.jar.

Задание 4

Изображение дерева, сделанное методом Neighbour Joining Using PAM 250:

Появилась ветвь:

{LACDA,LACAC,STAES,STAA1} против {BACSU,BACAN,STRPN,STRP1}

Исчезла ветвь:

{LACDA, LACAC, STRP1, STRPN} против {STAES, STAA1, BACAN, BACSU}

Изображение дерева, сделанное методом Neighbour Joining Using BLOSUM62:

Появилась ветвь:

{LACDA,LACAC,STAES,STAA1} против {BACSU,BACAN,STRPN,STRP1}.

Исчезла ветвь:

{LACDA, LACAC, STRP1, STRPN} против {STAES, STAA1, BACAN, BACSU}

Изображение дерева, сделанное методом Neighbour Joining Using: % Identity:

Отличия есть только в точке укоренения дерева.

Изображение дерева, сделанное методом Average Distance Using PAM 250:

Отличия есть только в точке укоренения дерева.

Задание 5

Изображение дерева, сделанное методом Maximum Parsimony в Mega:

Отличий от оригинального дерева нет.