Задание 1

В качестве основы для укоренения было взято дерево из предыдущего занятия, сделанное методом Neighbour Joining Using % Identity.

Укоренение в средней точке было сделано программой retree.exe.

Рисунок 1. Исходное дерево (сделанное методом Neighbour Joining Using % Identity).

Рисунок 2. Укорененное в средней точке дерево.

Рисунок 3. Филогенетическое дерево.

Укоренение попало в ветвь {LACAC, LACDA} против {BACSU, BACAN, STAES, STAA1, STRP1, STRP1}.

Задание 2

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") не укореняются в среднюю точку из-за отсутствия данных о длинах ветвей.

Чтобы получить укоренение, приходится добавлять внешнюю группу. В данном случае ее роль играет белок пептидил-тРНК гидролазы, взятый из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).

Рисунок 4. Дерево, укорененное с помощью внешней группы.

Все ветви данного дерева являются общими с ветвями из филогенетического дерева (если не считать ECOLI, конечно). Однако, укоренение пошло в другую точку, хотя промах не сильно большой.

Задание 3

Методом Neighbour Joining с бутстрэп-анализом с использованием 100 реплик было построено дерево.

Рисунок 5. Дерево, построенное с помощью бутстрэп-анализа ("Original tree").

Деревья "Original tree" и "Bootstrap consensus tree" не отличались друг от друга по количеству общих ветвей с филогенетическим деревом.