Занятие 5

Сбор информации о ферменте

Для изучения был выбран белок P55263. В таблице 1 представлены его характеристики.

Таблица 1. Характеристики белка P55263.

Фермент	Adenosine kinase
Идентификатор Uniprot	P55263
Код EC	2.7.1.20
EC 2	Трансферазы
EC 2.7	Передача фосфоросодержащих групп
EC 2.7.1	Фосфотрансферазы с OH-группой в качестве акцептора
EC 2.7.1.20	Аденозин киназы
Схема реакции, катализируемой изучаемым ферментом	ATP + adenosine = ADP + AMP.

Количество ферментов человека с близкими функциями в Swiss-Prot

Таблица 2.

Запрос	Количество ферментов
2...*	1719
2.7..	965
2.7.1.*	131
2.7.1.20	1

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью Uniprot был получен список ферментов мыши с тем же классом, что и у изучаемого белка. Также была получена текстовая таблица, в которой напротив ID каждого белка указан полный EC-код. Была сделана таблица 3, в которой указано количество белков с одинаковыми с изучаемым классом, подклассом, подподклассом и всей классификацией.

Таблица 3.

Запрос	Количество ферментов
2...*	1402
2.7..	705
2.7.1.*	99
2.7.1.20	1

С помощью программы blastp с e-value 10 было найдено 4 белка. Cходен по последовательности с изучаемым белком только один - ADK_MOUSE, аденозин киназа. e-value находки - 0.0, процент идентичности - 91%.

Также была обнаружена рибокиназа (RBSK_MOUSE), c e-value 3e-10, но с 24% идентичности

Таблица 4. Зависимость номера EC от позиции находки по запросу P55263

Номер находки	AC	EC	e-value
1	P55264	2.7.1.20	0.0
2	Q8R1Q9	2.7.1.15	3e-10
3	P17710	2.7.1.1	3.9
4	P97328	2.7.1.3	6.2

Как можно увидеть по таблице, даже при довольно высоком e-value все ферменты принадлежат к одному подподклассу.