Функциональная роль гена в подсистеме

Функциональная рольк гена в подсистеме. GO, SEED

Определение системы, к которой относится белок

Для изучения был выбран белок HrcR с AC Q52488. Данные о белке: Q52488.txt.

В базе данных KEGG было обнаружено, что белок принадлежит к секреторной системе III типа.

Секреторная система третьего типа представляет собой подобие молекулярной иглы, с помощью которой бактерия может впрыскивать белки в эукариотические клетки.

Рисунок 1. Изображение разных видов секреции. Источник: KEGG.

Рисунок 2. Схема, иллюстрирующая работу секреции белка с помощью белковой секреции III типа. Источник: ebi.ac.uk

Расшифровка всех терминов GO, связанных с изучаемым белком

Таблица 1. Расшифровка GO

GO	Название	Тип
GO:0016021	integral component of membrane внутренний компонент мембраны	C: клеточный компонент
GO:0016020	membrane мембрана	C: клеточный компонент
GO:0005886	plasma membrane плазмалемма	C: клеточный компонент
GO:0034053	modulation by symbiont of host defense-related programmed cell death модуляция симбионтом связанной с защитой программируемой клеточной смерти хозяина	P: биологический процесс
GO:0015031	protein transport белковый транспорт	P: биологический процесс
GO:0009306	protein secretion белковая секреция	P: биологический процесс

Описание функциональной роли белка в системе

К сожалению, функция этого белка точно не известна. В БД Uniprot пишут, что данный белок участвует в секреции PopA, белкового элиситора гиперчувствительного ответа в растениях.

Ортологи белка

SEED

Рисунок 3. Выполненная с помощью сайта http://theseed.uchicago.edu/ схема окрестности гена hrcR и его ортологов. Параметры отбора: Region Size: 16000; E-value cut off: 1e-20; number of regions: 15.

SEEDalign

Рисунок 4. Выравнивание ортологов, сделанное на сайте http://theseed.uchicago.edu/. Ссылка на полученное выравнивание: seedalign.jar

Ссылка на таблицу Excel с информацией об ортологах и генах в окрестности: table_yelis.xlsx

Выводы

После изучения рисунка 3 и таблицы table_yelis.xlsx можно заметить, что

a) Первые три гена (hrcR, hrcU, hrcV) колокализованы почти во всех организмах (hrcU и hrcV отсутствуют только у двух организмов). При этом они кодируют по несколько белков, находящихся в мембране. Третий кодирует белки мембранного канала. Порядок расположения и ориентация при этом не всегда сохраняется.

б) Ортологичность не сильно распространяется на удаленные области окрестности. Так, при увеличении размеров до 30000 п.н. почти ничего не изменилось.