Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Выбранный белок

Выбранная структура: 1XZO

Данные структурных факторов EDS: 1XZO_EDS.

Количество гомологов, найденных на : 358.

Разрешение структуры: 1.70 Å

Задание 1

Были получены изображения электронной плотности вокруг полипептидной цепи при разных уровнях подрезки. Заметно, что при уровнях подрезки более 1 заметен выход полипептидной цепи за пределы электронной плотности (рисунки 2-3), что не есть хорошо. Возможно, что это объясняется наличием большого количества идущих подряд заряженных аминокислот, что может приводить к отсутствию стабильной структуры [1]. Но тогда странно, что части заряженных аминокислот, идущих подряд, все же соответствует электронная плотность..

Рисунок 1. Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи при уровне подрезки 1σ. Красным помечены отрицательно заряженные аминокислоты, Синим – положительно, а розовым – полярные незаряженные.

Рисунок 2. Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи при уровне подрезки 2σ. Красным помечены отрицательно заряженные аминокислоты, Синим – положительно, а розовым – полярные незаряженные.

Рисунок 3. Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи при уровне подрезки 3σ. Красным помечены отрицательно заряженные аминокислоты, Синим – положительно, а розовым – полярные незаряженные.

Задание 2

Были построены изображения электронной плотности вокруг триптофана (рисунок 4), гистидина (рисунок 5) и аспартата (рисунок 6)

Рисунки 4-6. Изображения электронной плотности вокруг триптофана, гистидина и аспартата при разных уровнях подрезки. Подрезка меняется от 1σ до 3σ 0,5σ/кадр. Параметр carve для триптофана и гистидина – 0,7Å, а для аспратата – 3Å. Рядом с аспартатом можно заметить кальций.

В целом, как можно заметить, остатки в большей части структуры находятся в местах сгущения электронной плотности. Однако, про атомы такое сказать нельзя. Стоит хотя бы посмотреть на триптофан, у которого координаты одного атома углерода выходят за пределы элетронной плотности начиная еще с подрезки в 1σ. Не стоит забывать еще и об отсутствии какой-либо выраженной электронной плотности у нескольких частей белка.