Оценка консервативности а.о. в зоне контакта с функциональным лигандом

1	IHFA_NEIMB	100%
2	IHFA_RALSO	60%	100%
3	IHFA_BUCAI	53%	53%	100%
4	IHFA_BUCAP	56%	53%	78%	100%
5	IHFA_HAEIN	52%	50%	47%	52%	100%
6	IHFA_PASMU	62%	57%	53%	60%	71%	100%
7	IHFA_PASHA	57%	53%	57%	61%	59%	69%	100%
8	IHFA_ECOLI	66%	61%	59%	64%	60%	69%	66%	100%
9	IHFA_XYLFA	56%	60%	50%	53%	49%	56%	56%	68%	100%
10	IHFA_AGRT5	38%	42%	37%	37%	35%	38%	37%	41%	38%	100%
11	IHFA_RHIME	39%	44%	35%	38%	37%	40%	37%	42%	40%	84%	100%
12	IHFA_RHILO	38%	44%	37%	36%	36%	40%	37%	42%	38%	74%	75%	100%
		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12

Вообще для белка IHFA_ECOLI было найдено 13 ортологов, но 2 из них, IHFA_HYLFT и IHFA_NEIGO, имели сходство более, чем на 90%. Они были удалены.

Множественное выравнивание:

Множественное выравнивание создано с помощью программы emma из пакета EMBOSS.

Зеленым цветом выделены консервативные на 100% позиции. Желтым - на 80%.

Изображение 3D-структуры Вашего белка с отмеченными консервативными остатками:

Белок состоит из 2 субъединиц (это димер), поэтому рассматривается только одна (α-subunit). На расунке она выделена светло-серым цветом.

Лиганд - ДНК - достаточно больой (сравним с размером самого белка), поэтому нет необходимости в 100% консервативности остатков, находящихся в непосредственной с ним близости (5Å).

Как было показано в прошлом семестре, наиболее важной зоной контакта является обведенная зона.
Вот ссылка на эту страничку: Ligand

Здесь как раз многие остатки консервативны на 100%, еще несколько - на 80%.

В начало