Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку IHFA_ECOLI:

1. Описание блока:
   • Идентификатор — PR01727A
   • Количество последовательностей — 109
   • Ширина блока — 16
2. Ссылка на веб-страницу блока
3. Множественное выравнивание блока:

   

4. Цвета, отвечающие уровням консервативности:
   • Красный — >80
   • Синий — 80-60
   • Зеленый — 60-40

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока PR01727A из базы данных BLOCKS:

Пара аминокислот	nαβ	pαβ	qα	qβ	sαβ
Phe,Phe	9848	0,118707811	0,12674783	0,12674783	6
Phe,Tyr	0	0	0,12674783	0,007823047	- бесконечность
Phe,Ala	0	0	0,12674783	0,018111138	- бесконечность

Обозначения:

• n_αβ — количество пар αβ
• p_αβ — частота встречаемости пары аминокислот αβ
• q_α   — частота встречаемости аминокислоты α
• q_β   — частота встречаемости аминокислоты β
• s_αβ — вес замены аминокислоты α на аминокислоту β

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS:

Пара аминокислот	nαβ	pαβ	qα	qβ	sαβ
Phe,Phe	5463640	0,023841153	0,057983938	0,057983938	6
Phe,Tyr	3112453	0,013581508	0,057983938	0,043737036	3
Phe,Ala	922146	0,004023879	0,057983938	0,0845994	-1

Сравнение весов аминокислотных замен:

Пара аминокислот	Блок PR01727A	200 блоков	BLOSUM62
Phe,Phe	6	6	6
Phe,Tyr	- бесконечность	3	3
Phe,Ala	- бесконечность	-1	-2

При сравнении полученых результатов можно сделать следующие выводы:

Различия в полученных результатах закономерны.
Выборка блока PR01727A основана на одном семействе белков, а вторая выборка (из 200 блоков) существенно больше.
Это влияет на точность, так как большее количество исходных данных уменьшает погрешность.
Но, кроме этого, у белков, блоки которых рассматривались при создании матрицы BLOSUM62 может быть иная степень родства, нежели у белков блока PR01727A.

Tенденция при замене сохраняется.
Для замены Phe-Phe вес самый высокий, что и логично.

Белок IHFA_ECOLI довольно маленький — всего 99 аминокислот.
Соответсвенно выборка не так близка к среднестатистическим данным.
Поэтому неудивительно, что в личном блоке отсутствуют пары аминокислот Phe-Tyr и Phe-Ala.
Эти аминокислоты редкие в моем белке — всего 1 и 6 штук соответственно.
Поэтому вес замены бесконечно низок — заменять на несуществующую аминокислоту ОЧЕНЬ невыгодно.

Tyr — аминокислота, родственная Phe, поэтому при замене Phe на Tyr общая картина сохраняется, но значения существенно ниже.

При замене же Phe-Ala (аланин — не родственная аминокислота) значения еще ниже.

Таким образом:

• замена аминокислоты саму на себя имеет наибольший вес
• замена аминокислоты на родственную имеет больший вес, чем замена на неродственную

В начало