На заглавную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO.

Общее знакомство со структурой GO:

Ключевые слова для IHFA_ECOLI в документе UniProt: 3D-structure; Complete proteome; DNA recombination; DNA-binding; Transcription; Transcription regulation; Translation regulation.
Выбрано — DNA recombination.

На главном сайте консорциума GO проведен поиск выбранного термина среди терминов GO.

Термин DNA recombination
Рекомбинация ДНК

Идентификатор GO 0006310

Количество синонимов 0

Определение термина The processes by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents. In eukaryotes genetic recombination can occur by chromosome assortment, intrachromosomal recombination, or nonreciprocal interchromosomal recombination. Intrachromosomal recombination occurs by crossing over. In bacteria it may occur by genetic transformation, conjugation, transduction, or F-duction.
Процессы, с помощью которых путем рекомбинации генов формируется новый генотип, приводят к комбинациям генов, отличным от исходно существующих у родителей. У эукариот генетическая рекомбинация может происходить путем изменения в наборе хромосом, путем межхромосомной рекомбинации, или внутрихромосомной невзаимной (не уверен в термине) рекомбинации. Межхромосомная рекомбинация происходит по механизму кроссинговера. В бактериях она может происходить путем генетической трансформации, трансдукции, или полового процесса (перенос с участием F-факторов и F-пилей)

Количество родителей Связь is_a: 1
Связь part_of: 0

Количество дочерних терминов Связь is_a: 0
Связь part_of: 0

A is B. A — частный случай B.
A is a part of B. А — частный случай В, но В необязательно содержит А.
Вот DNA recombination (рекомбинация ДНК) является частным случаем DNA metabolism (метаблизма ДНК). На это указывается связь is_a.
Связей part_of не обнаружено.

Протеом Caenorhabditis elegans (нематода).

Длина взрослой особи Caenorhabditis elegans около 1 мм, тело состоит примерно из 1000 соматических и 1000 — 2000 половых клеток. Удлиненное тело обладает билатеральной симметрией и состоит из обычных тканей (нервы, мышцы, кишечник, кожа). Взрослые особи представлены двумя фомами — гермафродитами и самцами. При самооплодотворении в основном возникают гомозиготные потомки. Полный цикл развития составляет около 3 суток.

Генетический аппарат C.elegans довольно простой: в 6 парах гомологичных хромосом содержится, по-видимому, около 3000 жизненно важных генов. Гаплоидный геном содержит 80 млн пар нуклеотидов (в 17 раз больше, чем у E.coli и в 38 раз меньше, чем у человека). С помощью мутационного анализа идентифицировано около 800 генов. Среди них гены, влияющие на форму и поведение червей, гены, кодирующие миозин и гены, контролирующие характер и направление развития ,гены гибели и долголетия. Получена библиотека генома в виде большого набора перекрывающихся фрагментов ДНК.

Результаты поиска в UniProt, 11.09.2006 г.:

Количество белков Запрос

Всего 23212 (([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*])

С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 3217 "((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & ((([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:P: C: F:*])) "

Из них в ядре 723 "(((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:P: F:*])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus*]) "

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS: Traceable Author Statement и IDA: Inferred from Direct Assay) 3 "((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:P: F:*])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus*]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IC.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:NR.*])) "

В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IC: Inferred by Curator и NR: Not Recorded) 0 "((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis*] & [uniprot-Organism:elegans*]) | [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*]) & (([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:P: F:*])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus*]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:IC.*] | [uniprot-DBxref_:NR.*]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:ND.*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*])) "
В том числе с плохими доказательствами функции (все, кроме TAS и IDA) 716 "((((([uniprot-AllText:Caenorhabditis*] & [uniprot-AllText:elegans*]) | [uniprot-AllText:Caenorhabditis elegans*]) & (([uniprot-AllText:P:*] & [uniprot-AllText:F:*]) | [uniprot-AllText:P: F:*])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus*]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:IC.*] | [uniprot-DBxref_:IEA.*]) | [uniprot-DBxref_:IEP.*]) | [uniprot-DBxref_:IGI.*]) | [uniprot-DBxref_:IMP.*]) | [uniprot-DBxref_:IPI.*]) | [uniprot-DBxref_:ISS.*]) | [uniprot-DBxref_:NAS.*]) | [uniprot-DBxref_:ND.*]) | [uniprot-DBxref_:RCA.*]) | [uniprot-DBxref_:NR.*]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*])) "

Онтологии GO (независимые словари терминов):

P — биологические процессы (Process) (Зачем?)
C — клеточные компоненты (Component) (Где?)
F — молекулярные функции (Function) (Как? С чем?)

Расшифровку кодов можно посмотреть здесь!

Ядерные белки Caenorhabditis elegans почти все имеют плохое доказательство функции.

Описание белка IHFA_ECOLI c использованием ресурсов EcoCyc

Компонент IHF (integration host factor) transcriptional dual regulator, α-субъединица.
Этот белок (IHF) изгибает ДНК, он необходим для сайт-специфической рекомбинации, репликации ДНК, кроме того, он осуществляет транскрипционный и трансляционный контроль.

Участие IHFA в каких-либо реакциях не выяснено.

В начало

Термин	DNA recombination Рекомбинация ДНК
Идентификатор GO	0006310
Количество синонимов	0
Определение термина	The processes by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents. In eukaryotes genetic recombination can occur by chromosome assortment, intrachromosomal recombination, or nonreciprocal interchromosomal recombination. Intrachromosomal recombination occurs by crossing over. In bacteria it may occur by genetic transformation, conjugation, transduction, or F-duction. Процессы, с помощью которых путем рекомбинации генов формируется новый генотип, приводят к комбинациям генов, отличным от исходно существующих у родителей. У эукариот генетическая рекомбинация может происходить путем изменения в наборе хромосом, путем межхромосомной рекомбинации, или внутрихромосомной невзаимной (не уверен в термине) рекомбинации. Межхромосомная рекомбинация происходит по механизму кроссинговера. В бактериях она может происходить путем генетической трансформации, трансдукции, или полового процесса (перенос с участием F-факторов и F-пилей)
Количество родителей	Связь is_a: 1 Связь part_of: 0
Количество дочерних терминов	Связь is_a: 0 Связь part_of: 0

	Количество белков	Запрос
Всего	23212	(([uniprot-Organism:Caenorhabditis] & [uniprot-Organism:elegans]) \| [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	3217	"((([uniprot-Organism:Caenorhabditis] & [uniprot-Organism:elegans]) \| [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans]) & ((([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:P: C: F:*])) "
Из них в ядре	723	"(((([uniprot-Organism:Caenorhabditis] & [uniprot-Organism:elegans]) \| [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:P: F:])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus*]) "
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS: Traceable Author Statement и IDA: Inferred from Direct Assay)	3	"((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis] & [uniprot-Organism:elegans]) \| [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:P: F:])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:NR.])) "
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции (IC: Inferred by Curator и NR: Not Recorded)	0	"((((([uniprot-Organism:Caenorhabditis] & [uniprot-Organism:elegans]) \| [uniprot-Organism:Caenorhabditis elegans]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) \| [uniprot-DBxref_:P: F:])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:IC.] \| [uniprot-DBxref_:NR.]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.])) "
В том числе с плохими доказательствами функции (все, кроме TAS и IDA)	716	"((((([uniprot-AllText:Caenorhabditis] & [uniprot-AllText:elegans]) \| [uniprot-AllText:Caenorhabditis elegans]) & (([uniprot-AllText:P:] & [uniprot-AllText:F:]) \| [uniprot-AllText:P: F:])) & [uniprot-DBxref_:C:nucleus]) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:IC.] \| [uniprot-DBxref_:IEA.]) \| [uniprot-DBxref_:IEP.]) \| [uniprot-DBxref_:IGI.]) \| [uniprot-DBxref_:IMP.]) \| [uniprot-DBxref_:IPI.]) \| [uniprot-DBxref_:ISS.]) \| [uniprot-DBxref_:NAS.]) \| [uniprot-DBxref_:ND.]) \| [uniprot-DBxref_:RCA.]) \| [uniprot-DBxref_:NR.]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.])) "