*                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0              
P R O T _ D A L I     :   - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - A P F F D L G E L K L W S F W R A A I A E F I A T L L F L Y I T V A T V I G H S K E T V V C G S V G L L G I A W A F G G M   :     6 1
P I P 2 8 _ A R A T   :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
p e p w i n d o w     :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
h a n d s             :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
T M H M M             :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
O P M                 :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
                      :   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   :       -
f i n a l             :   M S K E V S E E G R H G K D Y V D P P P A P L L D M A E L K L W S F Y R A I I A E F I A T L L F L Y V T V A T V I G H K N Q T G P C G G V G L L G I A W A F G G M   :     8 1
                          + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0 0 0 0 0 0 0            
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
P R O T _ D A L I     :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L L R A L V Y M I A Q C L G A I C G V G L V K A F M K G P Y N Q F G G G A N S V A L G Y N K G T A L   :   1 4 2
P I P 2 8 _ A R A T   :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
p e p w i n d o w     :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
h a n d s             :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
T M H M M             :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
O P M                 :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
                      :   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   :       -
f i n a l             :   I F V L V Y C T A G I S G G H I N P A V T F G L F L A R K V S L P R A V A Y M V A Q C L G A I C G V G L V K A F M M T P Y K R L G G G A N T V A D G Y S T G T A L   :   1 6 2
                          0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0 0 0 0            
                                                                                                                                                                                                       
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                  
P R O T _ D A L I     :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P I L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I F N S N K V W D D Q W I F W   :   2 2 3
P I P 2 8 _ A R A T   :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
p e p w i n d o w     :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
h a n d s             :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
T M H M M             :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
O P M                 :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
                      :   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   :       -
f i n a l             :   G A E I I G T F V L V Y T V F S A T D P K R S A R D S H V P V L A P L P I G F A V F M V H L A T I P I T G T G I N P A R S F G A A V I Y N N E K A W D D H W I F W   :   2 4 3
                          0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 + + + + + + + + + + + + + 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0 0 0            
                                                                                                           
                                      *               2 6 0                   *                            
P R O T _ D A L I     :   V G P F I G A A V A A A Y H Q Y V L R A A A I K A L G S - - - - - - -   :   2 5 1
P I P 2 8 _ A R A T   :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
p e p w i n d o w     :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
h a n d s             :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
T M H M M             :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
O P M                 :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
                      :   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .   :       -
f i n a l             :   V G P F V G A L A A A A Y H Q Y I L R A A A I K A L A S F R S N P T N   :   2 7 8
                          0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 + + + + + + + + + + + + + + + + +            

Первая строка — последовательность белка-прототипа.
Вторая — белка PIP28_ARATH.
Серым
отмечены различающиеся аминокислоты.

Третья cтрока — предсказанная почти вручную топология на основе данных программы pepwindow.
Красным
отмечены аминокислоты, которые были центрами окон в программе pepwidow и мера гидрофобности которых превышала 1,8.

Розовым
— ТМ сегменты, предсказанные почти вручную (номер центра + - 9 аминокислотных остатков).

Голубым
— гидрофильные аминокислоты, попавшие в предсказанный диапазон.

Желтым
отмечены гидрофобные акминокислотны, которые были добавлены дополнительно и не входили в диапазон аминокислот, отмеченных программой pepwindow.

На четвертой строке дана окончательная Обработка вручную.
Зеленым
выделены соответвтвующие аминокислоты.

Пятая строка размечена в соответствии с результатами TMHMM.

Шестая строка — в соответствии с OPM.

На предпоследней строке показан окончательный вариант местонахождения трансмембранных участков на основании всех методов и с учетом профиля гидрофобности, свойств аминокислотных остатков и толщины мембраны (она составляет примерно 20 а.о.).

На последней строке указаны цитоплазматические участки (+), трансмембранные участки (0) и внеклеточные фрагменты (-). Данные получены с помощью ExPASy.
Эти данные были получены сразу после данных pepwindow. Последующих данных на тот момент не было.
Как видно по рисунку, пропущено 2 трансмембранных участка: 159-179 и 241-261.
Cогласно с профилем гидрофобности и с гидрофобностью/гидрофильностью аминокислотных остатков эти фрагменты были добавлены с несколько измененными границами.