Учебный сайт Николаевой Дарьи

Главная Ссылки Обо мне Заметки

Построение филогенетических деревьев


У лукоморья дуб зеленый;
А за компьютером ученый
В стремленьи к истинам материй
Построил дерево бактерий.

Идет направо - клады строит,
Налево - ветвь укоренит.
Там чудеса: нетривиальных
Ветвей набор все объяснит.

Мороз и солнце; день чудесный!
Филогения так прелестна!
Без устали ласкают взоры
Формулы скобочной узоры.

Скользя по утреннему снегу,
Друг милый, мы загрузим МЕГУ,
Науке преданность храня.
И в истины поля пустые
Посадим дерева густые
Бактерий, милых для меня.

Для построения филогенетического дерева было выбрано 8 представителей протеобактерий (Таблица 1).

Таблица 1. Выбранные представители протеобактерий.

Название Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU
Agrobacterium tumifaciens AGRRK
Burkholderia cenocepacia BURCA
Neisseria meningitidis NEIMA
Salmonella typhimurium SALTY
Yersinia pestis YERPE
Yersinia pseudotuberculosis YERPS
Pasteurella multocida PASMU


Скобочная формула дерева:

((BRADU, AGRRK), ((BURCA, NEIMA), (PASMU, (SALTY, (YERPE, YERPS)))));


Изображение дерева

Изображение не загрузилось
Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных организмов, построенное программой MEGA.


Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
  1. {YERPE, YERPS} vs {SALTY, PASMU, NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}
  2. {YERPE, YERPS, SALTY} vs {PASMU, NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}
  3. {YERPE, YERPS, SALTY, PASMU} vs {NEIMA, BURCA, AGRRK, BRADU}
  4. {YERPE, YERPS, SALTY, PASMU, NEIMA, BURCA} vs {AGRRK, BRADU}
  5. {YERPE, YERPS, SALTY, PASMU, AGRRK, BRADU} vs {NEIMA, BURCA}
Таксономия (данные получены с помощью таксономического сервиса NCBI)

Таблица 2. Таксономия выбранных бактерий.

Название Мнемоника Таксономия
Bradyrhizobium diazoefficiens BRADU cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bradyrhizobiaceae; Bradyrhizobium
Agrobacterium tumifaciens AGRRK cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
Burkholderia cenocepacia BURCA cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
Neisseria meningitidis NEIMA cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Salmonella typhimurium SALTY cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella; Salmonella enterica; Salmonella enterica subsp. enterica
Yersinia pestis YERPE cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Yersinia pseudotuberculosis YERPS cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Pasteurella multocida PASMU cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella


Список нетривиальных ветвей, выделяющих некоторые таксоны:
  1. {YERPE, YERPS} выделяет представителей видовой группы Yersinia pseudotuberculosis complex рода Yersinia
  2. {YERPE, YERPS, SALTY} выделяет семейство Enterobacteriaceae порядка Enterobacteriales
  3. {YERPE, YERPS, SALTY, PASMU} - класс Gammaproteobacteria
  4. {AGRRK, BRADU} - порядок Rhizobiales класса Alphaproteobacteria
  5. {NEIMA, BURCA} - класс Betaproteobacteria

© 2015 Дарья Николаева