Учебный сайт Николаевой Дарьи

Страница четвертого семестра

1. Что такое филогенетическое дерево
   • Практикум №1: построение филогенетического дерева протеобактерий.
2. Реконструкция филогении
   • Отчет по Практикуму 2 добавлен к странице Практикума 1.
   • Дополнительное задание: определение диагностических позиций.
3. Укоренение и бутстрэп
   • Практикум №3: укоренение филогенетического дерева в среднюю точку.
4. Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям. Паралоги
   • Практикум №4: реконструкция филогении по нуклеотидным последовательностям; паралоги.
   
   
   Блок 2: Функциональные классы белков
   
5. Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG
   • Практикум №5: работа с KEGG ORTHOLOGY.
6. Мембранные белки
   • Практикум №6: анализ множественного выравнивания трансмембранных белков.
7. Геномное окружение
   • Практикум №7: геномное окружение.
8. Gene Ontology
   • Практикум №8: работа с GO.
   
   
   Блок 3: Сигналы
   
9. Поиск сигналов. Теория
   • Практикум №10: сравнение систем рестрикции-модификации у двух штаммов одного вида бактерий и поиск последовательности Шайна-Дальгарно в геноме бактерии Aquifex aeolicus VF5.
10. Поиск сигналов
    • Практикум №11: под кодовым названием ChIP-seq и TATA-box.
    
    
    Блок 4: Эволюционные домены
    
11. Восстановление предкового состояния доменной архитектуры
    • Практикум №12: восстановление предкового состояния доменной архитектуры.
12. Профиль семейства последовательностей белков
    • Практикум №13: профиль семейства последовательностей белков.