Учебный сайт Николаевой Дарьи

Укоренение и бутстреп

Укоренение в среднюю точку
Продолжаем заниматься изучением филогенетических деревьев на примере протеобактерий.
На Рис. 1 продублировано "правильное" филогенетическое дерево выбранных мной видов бактерий (Таблица 1).

Таблица 1. Выбранные представители протеобактерий.

Название	Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Agrobacterium tumifaciens	AGRRK
Burkholderia cenocepacia	BURCA
Neisseria meningitidis	NEIMA
Salmonella typhimurium	SALTY
Yersinia pestis	YERPE
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS
Pasteurella multocida	PASMU

Рис. 1. Филогенетическое дерево выбранных организмов, построенное программой MEGA.

На Рис. 2 представлено филогенетическое дерево тех же организмов, реконструированнное по семейству белков:

были взяты последовательности белка пептидил-тРНК гидролазы из банка UniProt
в программе JalView было выполнено выравнивание последовательностей белка программой Muscle
было реконструировано дерево методом "Neighbor Joining Using % Identity"

Метод "Neighbor Joining Using % Identity" строит неукорененные деревья, что хорошо видно на Рис. 2. Наблюдается отличие от "правильного" дерева: в нем листья BURCA и NEIMA составляют отдельную кладу, а на Рис. 2 топология этих ветвей иная (различия также подтверждаются разными наборами нетривиальных ветвей).

Изображение не загрузилось

Рис. 2. Филогенетическое дерево выбранных организмов, реконструированное по последовательностям белка пептидил-тРНК гидролазы методом "Neighbor Joining Using % Identity" в программе JalView.

На Рис. 3 также представлено дерево выбранных организмов, интересное тем, что для него было выполнено укоренение в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Под средней точкой подразумевается середина расстояния между двумя листьями, расположенными наиболее далеко друг от друга.

Изображение не загрузилось

Рис. 2. Филогенетическое дерево выбранных организмов, реконструированное методом "Neighbor Joining Using % Identity" и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP.

Полученное укоренение (в ветвь, отделяющую кладу (AGRRK, BRADU)) совпадает с укоренением исходного "правильного" дерева.