Практикум 11
Работа с Pfam.
1. Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam
Я выбрал домен PF00172 (Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain)
| Таблица 11-1 | Информация | AC pfam | PF00172 | ID pfam | Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain | #SEED | 28 | #All | 199k | #SW | 447 | #architectures | 2344 | #3D | 38 | Taxonomy | 4k | #eukaryota | 1659 | #archaea | 0 | #bacteria | 2 (Paenibacillus zeisoli, Aquicoccus porphyridii) |
|---|
Цинковые пальцы - домены взаимодействия белка с нуклеиновыми кислотами (ДНК, РНК). Как правило, включают в себя 2 Cys и 2 His для цинк-зависимого связывания ДНК.
В данном конкретном случае домен N-концевой, два Zn2+ связаны шестью Cys. Этот домен встречается в белках, которые включены в некоторые метаболические процессы.
Как видно из названия и таксономии, встречается преимущественно у грибов, как "Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain" но аналогичная структура предсказана у бактерий, как "Zn(2)-C6 fungal-type domain"
2. Выравнивание белковых доменов (seed)
| Таблица 11-2 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | Seq: 28 |
| Col: 52 | Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 6 блоков: {3}, {6}, {13}, {30}, {33}, {42} |
100% консервативные колонки в МДБ-all | 3:C, 6:C, 13:C, 30:C, 33:C, 42:C |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Seq: 1-26 |
| Col: 12-13 | 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 10:[KR] | Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 23-29, 46-52 |
3. Карта локального сходства (dotplot)
Нужно было построить карту локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой.
Мой домен мне разонравился, потому
| Таблица 11-3 | Информация | Доменная архитектура 1 | PF00172 | Белок с архитектурой 1 | P08638 | Доменная архитектура 2 | PF00172 - PF11951 | Белок с архитектурой 2 | P26370 |
|---|
Рис. 1. Выравнивание между двумя белками.
Рис. 2. Карта локального сходства.
Поскольку были выбраны белки, имеющие только один общий домен, который, к тому же, не повторяется, карта представляет собой единственную диагональную линию с двумя разрывами в местах делеций (гэпов в выравнивании).