Практикум 12

Программы множественного выравнивания.

1. Сравнение выдачи разных алгоритмов выравнивания

Список использованных файлов:

A-B

Таб. 1. Сравнение выравниваний, полученных при помощи Tcoffee и Muscle (начало-конец).

Номер блока Tcoffee Muscle
1 1-15 1-15
2 36-43 30-37

Выдача программы

A-C

Таб. 1. Сравнение выравниваний, полученных при помощи Tcoffee и Muscle (начало-конец).

Номер блока Tcoffee Muscle
1 1-14 1-14
2 25-30 29-34
3 36-43 38-45

Выдача программы

2. Сравнение структурного выравнивания и выравнивания через Muscle

При помощи PDBeFold было построено выравнивание по совмещению структур белков, имеющих домен PF00172.

Visual alignment
Рис. 1. Визуализация структурного выравнивания.

Таб. 3. Сравнение выравниваний, полученных при помощи PDBeFold и Muscle (начало-конец).

Номер блока PDBeFold Muscle
1 1-36 1-36
2 40-47 40-47

Выдача программы

Выдача двух программ отличается в двух столбцах из-за разного положения 2 аминокислот на участке 37-39 выравнивания. Это неконсервативный участок молекулы, он не входит в основные элементы вторичной структуры. В целом, очень высокий процент одинаково выровненных колонок (особенно в консервативных участках) позволяет сказать, что программы довольно аналогичны (как минимум, в данном случае).

3. Краткое описание MUSCLE

MUSCLE - MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation.

MUSCLE flowchart
Рис. 2. Схема работы MUSCLE.

Алгоритм MUSCLE включает три этапа:

  1. Быстрая оценка расстояния между последовательностями
  2. Пересчёт зачастую ошибочных расстояний
  3. Циклическое улучшение

MUSCLE даёт большую точность на стандартных тестовых наборах, чем прочие программы, задействуя меньше ресурсов системы.

Источники:

  1. Edgar, Robert C. “MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput.” Nucleic acids research vol. 32,5 1792-7. 19 Mar. 2004, doi:10.1093/nar/gkh340