Практикум 5

Взаимодействия в белке

Водородные связи

7FRT possible polar — Рис. 1. Все возможные (по версии PyMOL) полярные контакты между аминокислотами. Жёлтым отмечены контакты боковых радикалов, синим - остова.

Сначала я получил файл с моим белком в формате .pqr и попросил PyMOL найти все возможные водородные контакты. Конечно, выбор PyMOL не идеален. Поэтому я выбрал для демонстрации один из контактов и сделал рендер ещё и с ним.

В остове

7FRT polar main — Рис. 2. Пример полярного контакта в остове белка 7FRT.

Между радикалами

7FRT polar side — Рис. 3. Пример полярного контакта боковых радикалов белка 7FRT.

Солевые мостики

7FRT possible salt-bridge interactions — Рис. 4. Все возможные (по версии PyMOL) солевые мостики в белке 7FRT.

Аналогично задаче с водородными связями я попросил PyMOL показать все возможные солевые мостики. А после выбрал подходящий по длине(3.0-4.5).

7FRT salt-bridge — Рис. 5. Пример солевого мостика в белке 7FRT.

Дисульфидные мостики

7FRT cysteins — Рис. 6. Все цистеины белка 7FRT во вторичной структуре.

Цистеины в белке 7FRT расположены в разных направлениях друг от друга, что делает невозможным образование дисульфидного мостика.

Стекинг-взаимодействия

7FRT aromatic — Рис. 7. Все ароматические кольца белка 7FRT во вторичной структуре.

Ароматические кольца (аминокислот His, Trp, Phe, Tyr) расположены аналогично радикалам Cys. Стекинг затруднён.