Анализ множественных выравниваний

Для выполнения задания взяты последовательности из практикума 9

1

Найдем все вертикальные блоки.

Вертикальный блок это участок множественного выравнивания, обладающий следующими свойствами:
• Не содержит гэпов.
• Длина - не менее 4 колонок.
• Первая и последняя колонки - абсолютно консервативны или абсолютно функционально консервативны.
• Процент абсолютно консервативных колонок больше 35%
• Не содержит более 10 колонок, не являющихся абсолютно консервативными или абсолютно функционально консервативными, подряд.
• Не может быть расширен без нарушения предыдущих свойств.

1a Выделение всех вертикальных блоков.

В данном выравнивании из 5 последовательностей получено 4 вертикальных блока (разметка blocks на изображении)

1b Один блок из части последовательностей

Рассмотрим группу из 4 последовательностей (все, кроме A0A0C1DSJ4_9FLAO) и отметим блок, последовательности которого предположительно негомологичны последовательности белка A0A0C1DSJ4_9FLAO. Блок с координатами [78;82] подходит (состоит из 3 абсолютно консервативных и 2 функционально консервативных позиций и не совпадает с 5-ой последовательностью)

2

2a Число и процент консервативных позиций

Для продсчета выбран блок с координатами [55;73] (19 колонок)

2b Число и процент позиций с гэпами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков

Данный участок имеет координаты [1;33] (33 колонки). Из них гэпы занимают 27 позиций (81,8%)

3
Консенсусное выравнивание и LOGO

Консенсусная последовательность, каноническая последовательность (consensus sequence, canonical sequence) [лат. consensus — согласие, единодушие] — усредненная нуклеотидная или аминокислотная последовательность, регулярно встречающаяся (с небольшими вариациями по отдельным нуклеотидам или аминокислотам) в данном генетическом элементе (напр., в промоторе) у разных генов, в повторяющихся нуклеотидных последовательностях или у разных белков.[1]
Консенсусная последовательность блока с координатами [55;73] IGITDFAQEELGDVVYVEL[2]. LOGO раскрашено по гидрофобности (черные - гидрофобные, синии - гидрофильные, зеленые - нейтральные)[3]

4
Паттерн для выбранного блока

Паттерном для блока с координатами [55;73] является последовательность [IV]-G-[IV]-[TS]-x-[ADN]-[HFY]-A-[QT]-[EGK]-[NQEA]-[LI]-G-[DK]-[IV]-[VD]-[YFS]-[VLC]-[AES]-[VL]

5
Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью белка NP_820762.2

Выравнивание явно показывает негомологичность последовательности белка по отношению к остальным последовательностям: консервативных колонок очень мало и они сильно разбросаны по белку. Общее число консервативных колонок 10, что составляет 6,5% от всех позиций

6
Множественное выравнивание заведомо негомологичных последовательностей(белков)

Для выравнивания были взяты 5 случайных последовательностей (NP_354235.1, NP_213288.1, NP_809341.1, NP_820762.2, NP_295013.1). После выравнивания (Muscle with Defaults) появляется очень много гэпов; Блок же можно выделить всего один (4 позиции - 2 абсолютно функционально консервативны, 1 абсолютно консервативна)

Файлы
Задание 1 (JVP)
Задание 5(выравнивание негомологичных последовательностей)
Задание 6(выравнивание нескольких заведомонегомологичных последовательностей)

Источники:
1. Консенсусная последовательность
2. Последовательность получена с помощью этого сервиса
3. LOGO получена с помощью этого сервиса

Назад
На главную

© Кучеренко Варвара 2015