Профили

Задание 1. Построить профиль подсемейства и проверить его работу

Для построения профиля из выравнивания, полученного в практикуме 11, в отдельный файл были извлечены представители "хорошего" подсемейства (таксон Bacilli; доменна архитектура 1).

Дерево представителей "хорошего" подсемейства (NJ + Bootstrap, MEGA)

Для построения и калибровки профиля применялся пакет HMMER, установленный на kodomo. Использовались следущие команды:

hmm2build profile vibor.fasta

hmm2calibrate profile

Далее в БД UniProt был осуществлен по белкам, включающим домен Hydrolase_2:

hmm2search profile PF07486_full.fasta >> pr12_output

Задание 2. Обоснуйте выбор порога для профиля

Далее находки были проанализированы в MS Excel (ссылка на файл). Результаты поиска были перенесены в файл Excel и отсортированы по убыванию нормализованного веса. Всего было получено 2321 находок, среди которых были отмечены представители нашего подсемейства (1 в колонке Profile, если находка принадлежит подсемейству, и 0 в противном случае). Затем были вычислены показатели чувствительности и специфичности.

Гистограмма весов находок	ROC-кривая

На основании построенной ROC-кривой было выбрано пороговое значение E-value. Критерий выбора - максимум разности [Чувствительность - (1-Специфичность)]. Полученный порог E-value - 8,80E-71. При таком пороге наблюдаются достаточно хорошие чувствительноть (1) и специфичность (0.950259516) профиля, то есть профиль вполне пригоден к использованию для выделения подсемейства.

Назад
На главную

© Кучеренко Варвара 2015