Бета-структуры 3 и 4

Исследуемый белок состоит из 4х одинаковых цепей, по-этому будем рассматривать его вторичную структуру на примере одной из цепей Самые длинные соседние бета-слои в белке - strand3(1067-1071) и strand4(1082-1089).Они расположены АНТИПАРАЛЛЕЛЬНО.

Значения торсионных углов для бета-структур можно найти на странице Торсионные углы. Значения торсионных углов фи:среднее -113.8, максимальное 138.1, минимальное -62.4, ;пси: среднее 143.8, максимальное 85.8, минимальное -31.7

Вычисление углов в Excel map.xls на листе helix

Структура бета-тяжа удерживается 7 водородными связями,из них 4 - между двумя цепями и 3 - между остатками одной цепи. В моем случае водородные связи были только между атомами азота и кислорода, а связей типа кислород-кислород или азот-азот не нашлось. На первый взгляд кажется, что контакты между бета-тяжем и другими частями белка разбросаны достаточно равномерно, но на самом деле можно, приглядевшись, выделить "сгустки" контачащих атомов, и более "пустые" места.

Информация о контактах между бета-тяжем и другими частями белка
Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние (Ангстрем)	Предположительная природа контакта
CYS1089A.SG	ASP1047A.C	3.98	гидрофобная
LEU1086A.N	THR1042A.O	2.886	водородная
LEU1082A.C	MET1080A.SD	2.92	гидрофобная
LEU1083A.N	GLU1040A.O	3.092	водородная

Остовная структура бета-тяжа с наложенным изображением спирали и слоя

Водородные связи в бета-слое

Водородная связь

Взаимодействующие со структурой атомы других частей белка

Скрипт, описывающий все альфа-спирали и бета-тяжи в цепи А ss.def