Эволюционные домены

1.Поиск мотивов среди гомологов белка CDD_BACSU

Мотив -это блок достоверного выравнивания.
Поиск таких блоков совпадений по всей длинне выравнивания провдится при помощи программы MEME (Multiple Em for Motif Elicitation).
Характеристики найденных мотивов при помощи программы MEME среди предпологаемо гомологичных посдедовательностей белка CDD_BACSU и самого белка CDD_BACSU представлены в Таблице 1.

Таблица 1. Найденные мотивы среди предпологаемых гомологов белка CLPQ_BACSU и самого белка по средствам программы MEME при стандартных настройках.

мотив	число последовательностей	длина мотива	E-value	LOGO
1	36	21	6.2e-407
2	37	29	1.5e-435
3	37	29	3.4e-360

2.Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным программой muscle.

Из выдачи программы MEME извлечен мотив в формате блокс: мотив 1,мотив 2.,мотив 3.
После этого был переведен перевод в формат FASTA (с помощью seqret). Файлы в формате FASTA:мотив 1,мотив 2,мотив 3. Далее было проведено визуальное сравнение мотивов и глобального множественного выравнивания при помощи Jalwiev. Результаты в виде проекта Jalwiev . Так же визульное сравнение представлено на Иллюстрации 1.

Иллюстрация 1. Визульное сравнение множественного выравнивания гомологов и найденного программой MEME мотива. Сверху глобальное выравнивание, под ним сами мотивы:2-ой,1-ый,3-ий.

3. Поиск найденого мотива в других последовательностях.

Поиск мотивов осуществлялся программой MAST при стандартных настройках.
Поиск проходил среди выравнивания фрагментов белков, соответствующих домену pfam: dCMP_cyt_deam_1. Фаил с выравниваниями в формате MSF. Фаил с выравниванием в формате FASTA (был сконвертирован программой degapseq).
После этого программой MAST (Motif Alignment & Search Tool) проведен поиск мотивов среди белков домена dCMP_cyt_deam_1.

В результате получен html-фаил

В 21 из имевшихся в seed.fasta 59 последовательности нашёлся хотя бы 1 искомый мотивов.
В 14-и последовательностях встретились все 3 мотива.
Таким образом не все, но многие элементы выравнивания из Pfam содержат искомые мотивы.
Из этого можно заключить, что выравнивание взятое из Pfam достаточно сильно коррелирует с мотивами найденными в выборке белков, гомологичных белку CCD_BACSU.